Identifikasi Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) Berdasarkan Karakter Bunga dan DNA Menggunakan Teknik Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)

Abstract

Keanekaragaman hayati di Indonesia sangat tinggi, yang merupakan keunggulan bagi pengembangan bahan bakar yang berasal dari tumbuhan. Salah satu kelompok tanaman non pangan yang direkomendasikan adalah tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) karena bijinya menghasilkan minyak nabati yang dapat diolah menjadi bahan bakar minyak (biodiesel). Keragaman genetik dapat dipelajari menggunakan penanda morfologi dan molekular (protein dan DNA). Jarak pagar adalah tanaman monoecius, memiliki bunga betina dan jantan terpisah tetapi masih di dalam satu infloresen. Jarak pagar mempunyai jumlah bunga jantan yang lebih tinggi dibandingkan dengan jumlah bunga betina. Penanda DNA yang tergolong mutakhir adalah Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Penanda AFLP dapat digunakan untuk mengenali hubungan kekerabatan yang sangat dekat antar genotip, perbedaan antar klon dalam satu kultivar, keragaman yang disebabkan terjadinya mutasi yang sangat sedikit atau adanya perbedaan genetik yang sangat kecil. Penelitian tentang variasi genetik jarak pagar melalui penggunaan marka molekular masih sangat terbatas. Oleh karena itu dalam upaya mendapatkan informasi genetik yang akurat untuk menunjang program pemuliaan tanaman jarak pagar, maka penggunaan penanda molekular DNA untuk analisis keragaman tanaman jarak pagar perlu dilakukan. Bahan tanaman yang digunakan berupa 10 aksesi jarak pagar yaitu aksesi Madiun, Dompu, Bengkulu, Lampung, Bangka, Ponorogo, Kediri, Jember, Subang dan Sukabumi. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB menurut Doyle dan Doyle yang dimodifikasi yaitu dengan penambahan PVP (Polyvinyl Pyrrolidon). Karakter bunga yang diamati yaitu rasio bunga jantan dan betina. Analisis AFLP menggunakan enzim restriksi Pst I dan Mse I. Tahap preamplifikasi menggunakan primer Pst I (P00) dan Mse I (M02), sedangkan untuk amplifikasi selektif menggunakan primer Pst I berlabel IRD 700 dan primer Mse I yang tidak dilabel. Sembilan puluh satu karakter hasil AFLP pada 10 aksesi jarak pagar dan dua karakter bunga dengan 91 lokus hasil AFLP pada lima aksesi jarak pagar digunakan untuk menganalisis keragaman genetik. Analisis keragaman menggunakan program NTSYS-pc 2.02 dan Minitabs 14.