Strukur Prediksi dan Identifikasi Substrat Spesifik Lakase Isolat Lokal Neurospora crassa inaCC F226

Abstract

Sekuen gen lakase dari isolat lokal Neurospora crassa InaCC F226 telah diidentifikasi bahwa terdapat tiga motif sekuen H-X-H, yang merupakan sekuen khas lakase diantaranya adalah HWH, HSH, dan HXXH. Ketiga motif sekuen tersebut menunjukkan terlibat dalam situs pengikatan atom tembaga. Terdapat tiga copper-binding loop yang mengandung motif sekuen, dengan beberapa residu asam amino lestari. Residu asam amino lestari pada copper-binding loop tersebut diantaranya 274(HWH)G---DG---T-CP pada CBL-1, 314GT-WY(HSH)FS-QYGG--- pada CBL-2, dan 607HPIHL pada CBL-3. Lakase isolat lokal Neurospora crassa (InaCC F226) merupakan enzim multisubunit yang terdiri atas tiga domain fungsional dengan motif struktur greek-key betta barrel yang merupakan struktur khas lakase. Lakase memiliki empat atom tembaga yang memiliki peran penting dalam aktivitas katalitik. Perbaikan struktur prediksi LAC inaCC melalui simulasi dinamika molekuler menunjukkan peningkatan kualitas struktur. Peningkatan persentase daerah disukai pada ramachandran plot (78.8%) dan persentil classchore serta nilai molprobity (99th dan 89th) menunjukkan bahwa struktur lakase menuju perubahan konformasi menjadi konformasi yang lebih stabil dengan resolusi yang lebih baik dibandingkan struktur prediksi awal. Metode MMPBSA diketahui merupakan metode yang lebih akurat dan sensitif dalam perhitungan energi bebas Gibbs ikatan substrat terhadap LAC inaCC. Senyawa aflatoxin dan ABTS merupakan substrat spesifik untuk lakase dari fungi isolat lokal Neurospora crassa inaCC F226.