Komunitas Aktinobakteri Endofit Tabat Barito (Ficus deltoidea) Berdasarkan Pendekatan Kultivasi dan Metagenomik

Abstract

Aktinobakteri endofit pada tanaman obat berperan penting dalam menghasilkan berbagai macam senyawa bioaktif. Tabat barito (Ficus deltoidea) telah lama digunakan untuk mengobati beberapa penyakit. Namun, keragaman dan kemampuan aktinobakteri endofit tabat barito belum pernah dieksplorasi sebelumnya. Informasi tentang eksistensi komunitas aktinobakteri endofit pada tabat barito dapat dijadikan dasar untuk mengeksplorasi potensinya lebih lanjut. Struktur komunitas aktinobakteri endofit tabat barito dapat diketahui dengan menggunakan pendekatan kultivasi dan metagenomik. Berdasarkan karakteristik morfologi dan melalui analisis gen 16S rRNA, aktinobakteri endofit terkultivasi memiliki kesamaan dengan genus Streptomyces sebagai genus yang dominan. Teknik metagenomik menggunakan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan keragaman aktinobakteri yang lebih tinggi dibandingkan teknik kultivasi. Berdasarkan teknik PCR-DGGE terdapat enam genus aktinobakteri berbeda yang tersebar pada jaringan tanaman tabat barito yaitu Streptomyces, Intrasporangium, Actinomadura, Verrucosispora, Kineospora, dan Rhodococcus. Berdasarkan kajian ini dapat diketahui bahwa aktinobakteri endofit tabat barito yang terkultivasi didominasi oleh Streptomyces berbeda dengan hasil pendekatan metagenomik. Pendekatan metagenomik berdasarkan nilai OTU menunjukkan bahwa Rhodococcus merupakan genus yang paling dominan pada jaringan tabat barito, sedangkan Streptomyces merupakan genus kedua tertinggi setelah Rhodococcus. Observasi dari kedua pendekatan kultivasi dan metagenomik memberikan pemahaman yang lebih baik tentang keragaman dan struktur komunitas aktinobakteri endofit tabat barito.