Variasi Genetik Antar Aksesi Rambutan (Nephelium lappaceum L.) Berdasarkan Penanda Morfologi Daun dan Inter Simple Sequence Repeat
View/ Open
Date
2017Author
Manggabarani, Andi Madihah
Chikawati, Tatik
Hartana, Alex
Metadata
Show full item recordAbstract
Salah satu buah tropis yang masih perlu dikembangkan adalah buah rambutan (Nephelium lappaceum L.). Rambutan berasal dari Indonesia dan Malaysia sehingga keragamannya tinggi di kedua daerah asal tersebut. Tingginya keragaman rambutan disebabkan oleh sifat rambutan yang menyerbuk silang. Variasi yang dijumpai bukan hanya antar jenis tetapi juga antar aksesi rambutan. Beberapa aksesi rambutan telah dikembangkan menjadi kultivar unggul. Hingga saat ini, pembeda antar aksesi rambutan umumnya ditandai menggunakan ciri morfologi buah. Penggunaan ciri buah sebagai penanda kurang efektif karena tanaman rambutan bersifat tahunan dan membutuhkan waktu lebih dari dua tahun untuk menghasilkan buah pertama kali. Oleh karena itu, dibutuhkan ciri lain yang lebih mudah digunakan untuk membedakan antar aksesi rambutan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik serta hubungan antar aksesi rambutan di Indonesia menggunakan penanda morfologi daun dan Inter Simple Sequence Repeat (ISSR).
Penelitian dilakukan mulai bulan Maret 2016 hingga Februari 2017. Sampel daun untuk pengamatan morfologi dan molekular diperoleh dari koleksi tanaman rambutan yang berasal dari Kebun Percobaan Cipaku dan Taman Buah Mekar Sari Bogor. Sebanyak 30 aksesi rambutan digunakan sebagai sampel yang terdiri dari 54 pohon untuk pengamatan ciri morfologi daun dan 30 pohon untuk pengamatan molekular. Ciri morfologi daun yang diamati meliputi bentuk bangun daun, jumlah anak daun, ukuran panjang dan lebar, bentuk helaian, ujung, dan bentuk pangkal anak daun. DNA sampel diisolasi menggunakan metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dengan beberapa modifikasi. DNA hasil isolasi kemudian diamplifikasi menggunakan enam primer, yang diseleksi dari 31 primer ISSR. Hasil penilaian ciri morfologi daun dan pita DNA disusun dalam bentuk matriks dan digunakan untuk menghitung nilai keserupaan berdasarkan indeks keserupaan Simple Matching dan menyusun dendrogram berdasarkan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA).
Sebanyak 8 aksesi rambutan menunjukkan ciri daun spesifik yang dapat digunakan sebagai pembeda antar aksesi. Amplifikasi menggunakan enam primer ISSR menghasilkan 58 pita polimorfik dengan primer ISSR 23 penghasil pita terbanyak. Nilai keserupaan antar aksesi rambutan berdasarkan ciri molekular berkisar antara 48%-93%. Ke-30 aksesi rambutan terbagi menjadi tiga kelompok utama berdasarkan data ISSR. Aksesi Pirba memisah pertama kali dari aksesi lainnya dengan nilai ketidakserupaan 52 %. Beberapa pola pita spesifik ditemukan pada aksesi Pirba menggunakan primer ISSR 1 dan UBC 807. Pengamatan ciri morfologi daun dan ciri molekular menunjukkan variasi yang tinggi pada rambutan. Selain berhasil mendeteksi keragaman antar aksesi rambutan, ciri tersebut juga dapat digunakan sebagai penanda spesifik beberapa aksesi rambutan.