Identifikasi Aktinomisetes Laut dari Selat Lembeh di Sulawesi Utara dengan Gen 16S rRNA

Abstract

Aktinomisetes merupakan bakteri Gram positif yang tersebar luas di alam, termasuk di lingkungan perairan. Beragam karakteristik laut di Indonesia dapat mengindikasikan biodiversitas aktinomisetes laut yang besar. Aktinomisetes laut berhasil diisolasi dari selat Lembeh di Sulawesi Utara. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi 20 isolat aktinomisetes laut dari selat Lembeh Sulawesi Utara dengan gen 16S rRNA. Identifikasi aktinomisetes terdiri atas beberapa tahapan, yaitu isolasi DNA genom, kuantisasi DNA genom secara spektrofotometri, amplifikasi gen penyandi 16S rRNA dengan primer universal (9F dan 1541R), elektroforesis agarosa, pengurutan basa nitrogen (sekuensing), dan analisis bioinformatika. Gen penyandi 16S rRNA dari seluruh isolat berhasil diamplifikasi dan memiliki ukuran ± 1500 bp. Hasil identifikasi 20 isolat aktinomisetes berdasarkan homologi sekuen gen 16S rRNA dan profil filogenetik diperoleh 8 isolat tergolong genus Micromonospora, 7 isolat tergolong genus Streptomyces, dan 5 isolat menjadi kandidat spesies baru yang memerlukan analisis lebih lanjut.