Evaluasi Penanda Genetik COI dan Keterkaitan Genetik berdasarkan PCR-RAPD pada Lobster Genus Panulirus

Abstract

Panulirus (Palinuridae: Decapoda) merupakan salah satu genus lobster yang jumlahnya melimpah dan memiliki morfologi yang beragam. Distribusi genus ini tersebar di perairan tropis dan sub-tropis. Di Indonesia spesies dari genus Panulirus yang sering ditemukan yaitu P. ornatus, P. homarus, P. longipes, P. versicolor, P. penicillatus, P. femoristiga, dan P. polyphagus. Persebaran lobster yang luas dipengaruhi oleh lamanya fase larva dan arus laut. Tahap akhir fase larva lobster bisa berlangsung di lokasi dan kedalaman yang berbeda dengan lokasi asal karena memiliki fase larva pelagik yang panjang dan tersebar mengikuti arus laut. Keterkaitan genetik mungkin terjadi pada lobster yang menempati lokasi berbeda. Identifikasi morfologi banyak dilakukan pada individu dewasa. Morfologi akan berubah selama proses pertumbuhan sehingga identifikasi spesies seringkali mengalami kesulitan. Penggunaan penanda genetik yang spesifik dapat memberikan solusi yang tepat untuk mengatasi keraguan dalam taksonomi dan mengetahui pola persebaran organisme perairan. Hal ini dilakukan untuk memperoleh berbagai data sebagai pendukung pengelolaan dan perlindungan terhadap genus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuen COI yang dibandingkan pada lobster genus Panulirus dan menentukan daerah yang paling cocok digunakan sebagai barcode untuk identifikasi lobster, serta menganalisis keterkaitan genetik lobster antar wilayah perairan Indonesia dengan metode PCRRAPD. Sampel lobster dikumpulkan dari beberapa wilayah perairan Indonesia. Jaringan untuk ekstraksi DNA diambil dari bagian periopod. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kit ekstraksi DNA. Amplifikasi gen COI dilakukan menggunakan dua primer yaitu bagian Upper Region (UR) dan Lower Region (LR). Primer yang digunakan untuk PCR-RAPD adalah OPA 1, OPA 8, OPA 9, OPA 11, OPA 12, dan OPA 18. Berdasarkan hasil perbandingan sekuen gen COI bagian UR dan LR menunjukkan bahwa UR memenuhi karakteristik sebagai DNA barcode. UR memiliki laju mutasi yang lebih rendah dan jarak genetik yang lebih tinggi daripada LR, serta memiliki data pembanding yang lebih banyak. Hasil PCRRAPD masing-masing spesies lobster (P. penicillatus, P. homarus, dan P. versicolor) menunjukkan nilai koefisien kesamaan yang beragam. Lobster yang berasal dari lokasi yang berdekatan cenderung memiliki nilai koefisien kesamaan yang tinggi. Hal ini berkaitan dengan pola persebaran larva lobster yang terbawa mengikuti arus laut. Kesimpulan dari penelitian ini adalah sekuen COI bagian UR merupakan daerah yang paling cocok digunakan sebagai barcode. Lobster yang berada di beberapa wilayah perairan Indonesia masih memiliki keterkaitan genetik.