Variasi Gen Pengkode Subunit E1β Branched-Chain α- Keto Acid Dehydrogenase Complex Pada Kambing Kacang Dan Kosta

Abstract

Kompleks branched-chain α-keto acid dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA). Informasi mengenai gen BCKDH telah dilaporkan pada sapi, sedangkan pada ruminansia kecil seperti kambing dan domba hingga saat ini belum ada laporan. Tujuan dari penelitian ini adalah memetakan variasi ekson 1, 3, dan 4 dari gen pengkode subunit E1β branched-chain α-ketoacid dehydrogenase complex (BCKDHB) pada kambing kacang (n=2) dan kosta (n=2) jantan. Proses amplifikasi DNA dengan teknik PCR menggunakan pasangan primer AF515-AF516, AF519-AF520, dan AF521-AF522 adalah sekuen ekson 1 (64 bp), ekson 3 (134 pb), dan ekson 4 (156 pb) yang conserved pada keempat sekuen yang dianalisis. Situs yang bervariasi terdapat pada daerah 5’UTR (C10G dan A11C), intron 1 (G199C, C302T, C461T, C538T, dan C583T), dan intron 4 (T553C dan A758G). Penyejajaran hasil deduksi asam amino menunjukkan bahwa keempat sekuen kambing identik dengan sekuen asam amino dari kambing hitam Yunnan yang telah dipublikasikan di GenBank (XM_005684454 dan NC_022301). Hal ini menunjukkan bahwa variasi nukleotida yang terdapat pada intron 1 dan 4 merupakan mutasi netral.