Identifikasi Gen Aroma (badh2 Termutasi) dan Analisis Aroma BC5F2 Ciherang Aromatik
View/ Open
Date
2017Author
Cing, Jap Mai
Seno, Djarot Sasongko Hami
Santoso, Tri Joko
Metadata
Show full item recordAbstract
Padi varietas aromatik yang ada saat ini memiliki beberapa kelemahan yaitu
produktivitas yang rendah, serta kurang tahan terhadap hama dan penyakit.
Introduksi sifat aroma dari padi aromatik ke padi unggul nonaromatik dilakukan
untuk memperoleh padi aromatik dengan sifat agronomi sebaik padi nonaromatik.
Introduksi dilakukan dengan metode persilangan terarah (site-directed crossing)
karena sifat yang diintroduksikan dapat dikontrol, waktu lebih singkat, serta dapat
menghindari produk transgenik.
Padi nonaromatik Ciherang digunakan sebagai tetua pemulih, sedangkan
padi aromatik Mentik Wangi digunakan sebagai tetua donor. Persilangan
dilakukan hingga BC5F2 karena diharapkan dapat menghasilkan tanaman dengan
sifat 98.4% mendekati tetua pemulih dan beraroma wangi. Penelitian ini bertujuan
memperoleh galur BC5F2 Ciherang x Mentik Wangi homozigot resesif yang
mengandung gen aroma (badh2 termutasi) melalui identifikasi gen badh2
termutasi dengan menggunakan marka Bradbury. Selain itu, penelitian ini juga
bertujuan memperoleh galur BC5F2 Ciherang x Mentik Wangi yang berkarakter
wangi melalui analisis aroma dengan metode KOH.
DNA dari lima galur tanaman padi BC5F2 Ciherang x Mentik Wangi yang
telah berumur 3 minggu diisolasi dengan metode CTAB yang telah dimodifikasi.
Selanjutnya, ekstrak DNA hasil isolasi ditentukan konsentrasi dan kemurniannya
menggunakan spektrofotometer nanodrop. Konsentrasi DNA ditentukan pada
panjang gelombang 260 nm, sedangkan kemurnian DNA ditentukan dengan
perbandingan panjang gelombang 260/280 nm. Penelitian ini mendapatkan
ekstrak DNA dengan konsentrasi yang beragam sehingga dilakukan pengenceran
hingga 100 ng μLˉ¹. Nilai kemurnian yang diperoleh antara 1.73-2.00. Kontaminasi
protein dan polisakarida relatif kecil sehingga dapat diabaikan berdasarkan batas-batas
menurut Sambrrok & Russel (2001) yaitu 1.8-2.00. Apabila nilainya kurang dari 1.8
maka sampel DNA masih mengandung kontaminan protein dan untuk
menghilangkannya ditambahkan protease. Apabila nilainya lebih dari 2.0 maka
sampel DNA masih mengandung kontaminan RNA, dan untuk menghilangkannya
ditambahkan ribonuklease.
Seleksi molekuler berbasis PCR dilakukan dengan menggunakan primer
Bradbury (EAP, INSP, IFAP, ESP). Pasangan primer yang digunakan mengikuti
seperti yang diuraikan dalam Bradbury et al.(2005). Pasangan primer EAP dan
ESP akan menghasilkan fragmen berukuran 580 bp sebagai kontrol positif untuk
masing-masing sampel. Pasangan primer IFAP dan ESP akan menghasilkan
fragmen alel aromatik berukuran 257 bp. Pasangan primer INSP dan EAP akan
menghasilkan fragmen alel nonaromatik berukuran 355 bp. Hasil PCR
menunjukkan ada 66 sampel dari 250 sampel yang memiliki fragmen DNA
berukuran sama dengan Mentik Wangi yaitu 257 bp, 67 sampel memiliki fragmen
DNA berukuran sama dengan Ciherang yaitu 355 bp, dan 117 sampel memiliki
fragmen DNA keduanya yaitu 257 bp dan 355 bp.
Tanaman yang membawa fragmen DNA berukuran 257 bp diuji aroma
daunnya menggunakan KOH 1.7%. Uji aroma dilakukan oleh tiga orang panelis
dengan skor evaluasi 0-3. Skor dari ketiga panelis dirata-rata dan dikelompokkan
menjadi tiga kelompok. Skor >1.0 digolongkan beraroma, skor 0.6-1.0
digolongkan sedikit beraroma, dan skor <0.5 digolongkan tidak beraroma. Hasil
yang diperoleh sebanyak 42 sampel positif beraroma dari 66 sampel.
Ketidaksesuaian hasil PCR dengan uji aroma ini disebabkan oleh keterbatasan
panelis dalam membedakan aroma. Selain itu, hal ini juga bisa disebabkan oleh
senyawa volatil 2AP yang dapat langsung menguap di udara sebelum panelis
memberikan skor. Hasil yang sama juga ditunjukkan oleh penelitian Rizkiany
(2013). Sampel yang positif pada uji aroma daun diuji lagi aroma berasnya.
Sampel yang positif pada analisis aroma daun sebagian besar juga positif pada
analisis aroma beras, yaitu sebanyak 35 sampel.
Penelitian ini berhasil mendapatkan galur BC5F2 Ciherang x Mentik Wangi
homozigot resesif yang mengandung gen aroma (badh2 termutasi) dan berkarakter
wangi. Saran dari penelitian ini adalah perlu dilakukan penelitian lebih lanjut
untuk mengetahui aroma secara kuantitatif, namun untuk itu perlu disiapkan
sampel dalam jumlah yang cukup banyak.