Evaluasi marka molekuler untuk seleksi mutu beras pada galur-galur padi (Oryza sativa L.) tahan penyakit blas (Pyricularia grisea Sacc.)
View/ Open
Date
2017Author
Afiah, Mawar
Tjahjoleksono, Aris
Utami, Dwinita Wikan
Metadata
Show full item recordAbstract
Mutu beras merupakan salah satu faktor yang menjadi pertimbangan
konsumen dalam memilih beras. Beras merupakan hasil produksi dari tanaman
padi (Oryza sativa L.) yang menjadi sumber makanan pokok bagi setengah
populasi di dunia. Dalam rangka memenuhi kebutuhan pangan yang meningkat,
saat ini telah banyak varietas unggul yang dikembangkan seperti varietas unggul
tahan penyakit blas. Penyakit blas merupakan penyakit yang disebabkan oleh
Pyricularia grisea Sacc. Penyakit ini dapat menurunkan produksi padi secara
drastis dan merusak mutu beras. Umumnya penurunan produksi padi berkisar
antara 10-20%. Pada kasus yang lebih serius, penurunan produksi dapat mencapai
40-50%, bahkan dapat mengakibatkan gagal panen. Di Indonesia, luas serangan
penyakit blas sebesar 12% dari total luas area pertanaman padi atau mencapai
1.285 juta ha.
Mutu beras yang baik merupakan hal penting yang diperhatikan dalam
perakitan varietas baru sehingga dapat memenuhi strategi pemasaran. Penggunaan
varietas unggul tahan penyakit blas dapat menekan penurunan produksi padi.
Namun demikian, varietas unggul yang telah dirakit belum tentu menjadi pilihan
petani untuk ditanam apabila tidak memiliki mutu beras yang baik. Hal ini karena
konsumen memiliki preferensi terhadap mutu beras yang baik. Mutu beras
dikelompokkan dalam 5 komponen, yaitu mutu gabah, mutu beras giling, mutu
tampilan beras, mutu tanak, dan mutu nutrisi.
Karakter-karakter unggul terkait mutu beras dapat diseleksi menggunakan
marka molekuler. Pemanfaatan marka molekuler sudah sering dilakukan dalam
pemuliaan tanaman yaitu untuk menyeleksi galur-galur unggul melalui analisis
keterpautan antara marka molekuler dengan sifat yang terkait mutu beras. Namun,
pemanfaatan marka molekuler terkait mutu beras belum dilakukan pada galur
tahan penyakit blas. Oleh karena itu, seleksi lebih lanjut pada galur-galur tahan
penyakit blas terkait karakter mutu beras dapat dilakukan melalui analisis asosiasi
antara genotipe dan fenotipe.
Sembilan belas galur tahan penyakit blas digunakan dalam penelitian ini.
Galur-galur ini berasal dari 4 persilangan yaitu Situ Patenggang/IRBLa, Situ
Patenggang/IRBLiF5, Situ Patenggang/IRBLKp, Situ Patenggang/IRBLta. Situ
Patenggang sebagai tetua kontrol, dan 4 varietas unggul (Inpari Blas, IR64,
Ciherang dan Inpago 4) sebagai varietas kontrol. Total 24 populasi tanaman
tersebut digunakan untuk analisis genotipe. Analisis fenotipe juga menggunakan
24 populasi yang sama. Sebanyak 25 individu dari masing-masing populasi
dipanen untuk mendapatkan gabah seberat 2 kg. Analisis fenotipe untuk pengujian
mutu beras dilakukan menggunakan metode standar yang biasa digunakan di
Laboratorium Mutu Gabah dan Beras Balai Penelitian Tanaman Padi Sukamandi,
Subang. Mutu beras yang dianalisis meliputi mutu gabah, mutu beras giling, mutu
tampilan beras, mutu tanak beras, dan mutu nutrisi beras. Analisis genotipe terkait
mutu beras dilakukan dengan menggunakan 4 tipe marka molekuler (STS, SSR,
iii
Indel, dan SNP) di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Bogor.
Hasil analisis mutu gabah menunjukkan bahwa galur SPIRIS8,
SPIRIS141, SPIRIS170, SPIRIS197, dan SPIRAA207 memenuhi standar SNI
untuk karakter gabah hampa, butir kuning rusak, dan butir kapur. Galur
SPIRTA17 memiliki berat 1000 butir tertinggi sebesar 26.77%. Galur SPIRIS170
memiliki densitas gabah tertinggi yaitu 558 kg/m3. Hasil analisis mutu beras
giling menunjukkan bahwa galur-galur harapan yang konsisten memenuhi standar
SNI untuk karakter butir kepala, butir patah, butir menir, butir kuning rusak, dan
butir kapur adalah SPIRTA17, SPIRTA22, SPIRIS8, SPIRIS141, SPIRIS166,
SPIRIS175, SPIRIS197, SPIRKAP130, SPIRKAP141, dan SPIRAA207. Galur
SPIRKAP281 memiliki rendemen beras pecah kulit tertinggi yaitu sebesar
80.12%. Galur SPIRIS8 memiliki rendemen beras giling tertinggi yaitu sebesar
89.58%. Galur-galur harapan ini memiliki karakter yang cenderung lebih baik
dibandingkan dengan tetuanya sehingga dapat digunakan sebagai kandidat
potensial untuk dikembangkan sebagai varietas unggul.
Karakterisasi mutu tampilan beras menunjukkan bahwa 19 galur harapan
dan tetuanya menghasilkan beras berbentuk medium (sedang). Hasil analisis mutu
tanak beras yang meliputi kadar amilosa dan konsistensi gel menunjukkan bahwa
16 galur harapan dan tetuanya (Situ Patenggang) bersifat pulen, sedangkan 3 galur
lainnya bersifat pulen sedang. Kadar protein pada 19 galur berkisar antara 8.21-
9.64%. Situ Patenggang sebagai tetua memiliki kadar protein sebesar 6.93%.
Di antara 19 pasang primer dari 4 tipe marka yaitu SSR, STS, Indel dan
SNP diperoleh 14 pasang primer yang menghasilkan pita DNA polimorfis.
Analisis asosiasi antara data genotipe dan fenotipe (mutu beras) menghasilkan 10
marka yang signifikan (p_Value< 0.05). Marka-marka tersebut berkaitan dengan
gen biosintesis pati dan sukrosa yang berkontribusi dalam menentukan karakter
mutu beras.