Analisis Keragaman Genetik Kemangi (Ocimum × Africanum Lour.) Berdasarkan Marka Morfologi Dan Inter-Simple Sequence Repeats.
Abstract
Ocimum × africanum Lour. dikenal sebagai kemangi, merupakan salah satu
tanaman indigenous Indonesia yang dimanfaatkan sebagai bumbu masakan dan
sayuran. Hingga saat ini spesies tersebut belum dikomersialkan karena masih jauh
dari nilai ekonomi yang tinggi, dan budi dayanya masih berada dalam skala rumah
tangga. Penelitian untuk mendapatkan informasi keragaman genetik spesies ini
dilakukan untuk menghasilkan sejumlah ciri terpilih yang dapat digunakan untuk
perbaikan potensi. Keragaman genetik O. × africanum Lour. telah dideskripsi
dengan melakukan karakterisasi morfologi dan molekuler.
Sampel tanaman yang digunakan berasal dari beberapa lokasi di Indonesia
meliputi 33 aksesi O. × africanum Lour. dan 3 aksesi O. basilicum L. sebagai
tanaman pembanding. Setiap aksesi dikarakterisasi menggunakan marka morfologi
dengan panduan deskriptor UPOV (International Union For the Protection of New
Varietas of Plant) dan marka ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) dengan 13
primer. Keserupaan fenetik dianalisis dengan SIMQUAL (Similarity of Qualitative
Data) melalui koefisien SM (Simple Matching) menggunakan metode UPGMA
(Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average) pada program NTSYS
(Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.11a, analisis
komponen utama menggunakan MINITAB release 16, dan struktur genetik di
analisis menggunakan GenAlex (Genetic Analysis in Exel).
Ocimum × africanum Lour. dan O. basilicum L. bervariasi pada beberapa
ciri yaitu tinggi tanaman, pigmen antosianin pada cabang lateral muda dan
perbungaan, panjang tangkai daun, ukuran daun, warna daun, bentuk daun,
gelombang pada tepi daun, panjang perbungaan, dan waktu berbunga. Dendrogram
hasil analisis gugus pada koefisien keserupaan antara 0.39-0.97 secara tegas
berhasil memisahkan aksesi O. × africanum Lour. dari spesies pembanding. Pada
koefisien keserupaan 0.52 seluruh aksesi membentuk 3 kelompok besar yang terdiri
dari 4 sub kelompok. Dua kelompok di antaranya merupakan kelompok dari aksesi
O. × africanum Lour. yang dibentuk oleh ciri pigmen antosianin pada cabang lateral
muda dan ciri gelombang pada tepi daun.
Analisis marka ISSR dengan menggunakan 13 primer berhasil
mengamplifikasi 111 pita DNA, dan 108 pita DNA di antaranya bersifat polimorfik.
Analisis keserupaan berdasarkan ciri molekuler menghasilkan koefisien keserupaan
berkisar antara 0.66-0.97 tetapi tidak memisahkan O. × africanum Lour. dari O.
basilicum L. secara tegas. Primer PKBT 10 mampu menghasilkan sebanyak 11 pita
polimorfik, sedangkan primer yang menghasilkan pola pita polimorfik paling
sedikit adalah primer PKBT 4 dan PKBT 9, masing-masing membentuk 6 pita.
Banyaknya jumlah pita DNA hasil amplifikasi tidak berkorelasi dengan tingginya
nilai polimorfisme.
Marka morfologi dan ISSR tidak mampu menjelaskan pengelompokan
aksesi berdasarkan daerah asal sampel. Pengelompokan tersebut dipengaruhi oleh
keragaman ciri aksesi di dalam spesies dan didukung oleh hasil analisis komponen
utama. Berdasarkan analisis struktur genetik, populasi O. × africanum Lour.
menunjukkan bahwa populasi dengan keragaman genetik tertinggi (PLP = 53.91,
I= 0.29) adalah populasi Tempuran.