Kajian Keragaman Gen Myf5 Dan Mstn Serta Asosiasinya Terhadap Sifat Pertumbuhan Dan Perdagingan Pada Sapi Bali

Abstract

Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi dari banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan dalam sifat produksi, reproduksi dan dapat berkembang pada lingkungan marginal. Gen Myogenic Factor 5 (Myf5) dan gen Myostatin (MSTN) memiliki peranan penting dalam perkembangan myogenesis dan diketahui berhubungan dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme dan distribusi alel berbasis SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pada gen Myf5 dan MSTN di sapi bali. Selain itu, tujuan penelitian ini juga mengetahui hubungan gen-gen tersebut terhadap sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor terdiri atas 24 ekor jantan dan 24 ekor betina yang berumur 12-15 bulan yang dipelihara pada kondisi lingkingan yang sama di pusat pembibitan BPTU-HMT sapi bali Provinsi Bali. Identifikasi SNP pada gen Myf5 dan MSTN dilakukan menggunakan metode direct-sequencing. Polimorfisme kedua gen tersebut dianalisis berdasarkan frekuensi genotipe, frekuensi alel dan heterozigositas. Keseimbangan genotipe dalam populasi dideteksi dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2). Asosiasi SNP gen Myf5 dan MSTN dengan sifat pertumbuhan (bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, tinggi pundak, panjang badan dan lebar dada) dan sifat perdagingan yang diukur dengan USG (tebal otot longissimus dorsi, tebal lemak punggung, tebal rump, tebal lemak rump, marbling score dan persentase lemak intramuskuler) pada sapi bali dilakukan dengan uji ANOVA GLM dan dilanjutkan dengan uji Duncan Multiple Range Test (DMRT). Amplifikasi gen Myf5 dan gen MSTN dihasilkan panjang produk PCR yaitu masing-masing 285 bp dan 535 bp. Hasil identifikasi SNP pada kedua gen tersebut diperoleh 2 SNP polimorfik (c.1172T>A dan c.1205G>A) dan 20 SNP polimorfik (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8078C>T, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7996G>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7930A>G, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) pada sapi bali. SNP gen Myf5 memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan dalam keadaan seimbang. Adapun SNP gen MSTN memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan 17 SNP (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) dalam keadaan tidak seimbang, sedangkan tiga SNP berada dalam keadaan keseimbangan (g.-8078C>T, g.-7996G>C and g.-7930A>G). Asosiasi SNP gen Myf5 dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali tidak nyata. Adapun SNP gen MSTN tidak berasosiasi nyata dengan sifat pertumbuhan, namun berasosiasi nyata (P≤0.05) dengan persentase lemak intramuskuler yaitu SNP g.-7799T>C dan g.-7941C>T. Kedua SNP pada gen MSTN tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat perdagingan pada sapi bali.