Identifikasi Protein-Protein Signifikan Yang Berasosiasi Dengan Diabetes Mellitus (Dm) Tipe 2 Menggunakan Analisis Topologi Jejaring Protein-Protein Interaction
View/ Open
Date
2016Author
Usman, M. Syafiuddin
Kusuma, Wisnu Ananta
Efendi, Farit Mochamad
Metadata
Show full item recordAbstract
Identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan suatu
penyakit merupakan proses awal yang dilakukan dalam penemuan obat baru
menggunakan metode network pharmacology. Pendekatan yang digunakan dalam
mengidentifikasi protein-protein signifikan tersebut adalah pendekatan
komputasional. Pendekatan ini merupakan solusi dari dua kendala utama metode
eksperimental yaitu waktu yang panjang dan biaya yang besar. Pendekatan ini
mungkin dilakukan karena tersedianya data protein dan interaksi antar protein
dalam jumlah yang banyak.
Proses identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM
tipe 2 dimulai dengan mengumpulkan data kandidat protein-protein signifikan
menggunakan basis data OMIM, selanjutnya kandidat protein-protein signifikan
tersebut dijadikan sebagai data masukan pada basis data STRING untuk
memperoleh data protein-protein interaction (PPI). Data PPI dikonstruksi menjadi
jejaring PPI dan sebuah subnetwork dikonstruksi dari semua lintasan terpendek
pasangan kandidat protein-protein signifikan yang memiliki total nilai degree
terbesar dari seluruh node-nya yang ada pada jejaring PPI. Analisis topologi pada
subnetwork dilakukan untuk memperoleh nilai Connectivity degree (k),
betweenness centrality (BC) dan closeness centrality (CC). Ketiga nilai tersebut
kemudian digunakan untuk menentukan protein-protein signifikan yang berasosiasi
dengan DM tipe 2.
Pengujian terhadap konsistensi protein-protein signifikan dilakukan dengan
mengkonstruksi jejaring penyangga dari protein-protein signifikan yang ada pada
subnetwork. Akurasi jejaring penyangga dihitung terhadap tiap jejaring uji yang
diciptakan dan dihitung nilai akurasi rata-ratanya. Nilai akurasi rata-rata inilah yang
menunjukkan kekokohan jejaring penyangga atau konsistensi dari protein-protein
signifikan yang ada pada jejaring penyangga.
Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 21 protein signifikan yang
berasosiasi dengan DM dengan menempatkan Insulin (INS) sebagai protein paling
penting dan juga sebagai node pusat pada jejaring PPI. Terdapat 8 protein sebagai
tetangga lagsung dari INS yaitu AKT1, TCF7L2, KCNJ11, PPARG, GCG, INSR, IAPP
dan SOCS3. Hal yang menarik pada penelitian ini adalah dari 63 protein signifikan
berasosiasi dengan DM yang diperoleh dari basis data OMIM, hanya 9 dari 21
protein yang berfungsi sebagai protein penting, 12 protein lainya merupakan protein
yang diperoleh dari data PPI.