Validasi Single Nucleotide Polymorphisms (Snp) Berbasis Genom Dan Pemanfaatannya Untuk Uji Kekerabatan 50 Aksesi Kedelai

Abstract

Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) sudah terdeteksi dalam genom kedelai varietas Anjasmoro, Tanggamus dan Wilis melalui sekuensing menggunakan Next Generation Sequencing. Sekuen genom tersebut dijajarkan dengan sekuen genom rujukan kedelai varietas William 82. SNP tersebut masih berpeluang sebagai false SNP. Tujuan dalam penelitian ini memvalidasi SNP hasil penjajaran sekuen genom kedelai varietas Anjasmoro, Tanggamus, dan Wilis dengan genom rujukan William 82 menggunakan Single Nucleotide Amplified Polymorphisms (SNAP) dan memanfaatkannya untuk menguji kekerabatan 50 aksesi kedelai. Sebanyak 19 pasang primer SNAP dirancang menggunakan program SNAPER untuk membuktikan keberadaan SNP pada 19 posisi pilihan dalam genom. Hasil dari penelitian ini bahwa sembilan SNP valid keberadaannya dalam genom dari 19 SNP yang diuji. SNP tervalidasi tersebut belum mampu untuk membedakan secara genetik beberapa aksesi dari 50 aksesi kedelai sehingga kekerabatan antara 50 aksesi kedelai sangat tinggi dengan koefisien jarak genetik 0 sampai 0.3.