Analisis Metagenomik Aktinomiset Endofit Pada Tanaman Brotowali (Tinospora Crispa L. Miers) Berdasarkan Gen 16s Rrna

Abstract

Keragaman aktinomiset endofit yang berasosiasi dengan tanaman obat sangat penting dipelajari karena memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa metabolit sekunder yang bermanfaat. Status keragaman aktinomiset endofit pada Tinospora crispa dapat dianalisis dengan pendekatan culture dependent dan culture independent. Analisis aktinomiset endofit pada tanaman T. crispa menggunakan pendekatan culture dependent telah berhasil dilakukan, ditemukan sebanyak 32 isolat aktinomiset endofit yang sebagian besar merupakan genus Streptomyces. Isolasi aktinomiset endofit dengan pendekatan culture dependent hanya merepresentasikan 0,1-10 % yang dapat tumbuh pada media agar. Sebagian besar mikrob yang ada di alam yaitu lebih dari 99% memiliki beragam potensi, namun masih belum banyak diketahui kegunaannya. Analisis metagenomik komunitas mikrob di lingkungan dengan cara tanpa pengkulturan (culture independent) dilakukan untuk mendapatkan galur yang bisa dikulturkan, sulit dikulturkan maupun yang tidak bisa dikulturkan pada media agar. Tujuan penelitian ini untuk mengkaji keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa dengan pendekatan culture independent dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berdasarkan gen16S rRNA. Hasil kajian tentang keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa berdasarkan analisis metagenomik merupakan informasi baru yang pertama kali dilaporkan. Ditemukan beberapa kesamaan pada aktinomiset endofit yang terdapat pada batang, akar dan daun dengan komunitas aktinomiset tanah pada rhizosfer tanaman T. crispa. Interpretasi menggunakan piranti lunak Phoretix 1D menunjukkan bahwa keragaman paling besar dari aktinomiset ditemukan pada batang dan daun yaitu 17 dan 16 pita, sedangkan pada akar dan tanah ditemukan yaitu 14 dan 10 pita masing-masingnya secara berurutan. Jumlah total dari pita yang didapatkan menggunakan piranti lunak ini adalah 21 pita. Analisis molekuler dengan metode PCR-DGGE menunjukan 12 pita yang dominan. Sekuen A4 dan A9 memiliki kesamaan 95% dan 86% untuk pita dengan panjang 180 bp dengan Williamsia dan Streptomyces, secara berurutan. Sekuen yang ditemukan ini diduga tergolong baru karena memiliki persentase kesamaan yang lebih rendah dari 97 %. Hasil 10 sekuen lainnya memiliki kesamaan dengan rentang antara 97-100% dengan panjang sekuen 180 bp yang menunjukkan kekerabatan yang dekat dengan genus Streptomyces, Microbacterium, Amycolatopsis, Actinomadura, Actinoplanes, Actinokineospora, Kibdelosporangium, Williamsia, Kocuria. Berdasarkan kajian culture independent dengan pendekatan metagenomik gen 16S rRNA yang dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berhasil diketahui keragaman komunitas aktinomiset endofit pada T. crispa. Sebagian besar aktinomiset yang diperoleh memiliki kekerabatan dengan rare aktinomiset dan sebagian lagi berkerabat dengan Streptomyces. Diantara aktinomiset yang diperoleh diduga terdapat novel aktinomiset endofit T. crispa.