Deteksi Bakteri Patogen dan Fermentatif dari Pangan Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengembangkan metode deteksi bakteri patogen Cronobacter sakazakii, Staphylococcus aureus dan bakteri fermentatif Lactobacillus plantarum menggunakan real-time PCR (rt-PCR). Amplifikasi sekuens parsial gen 16S rRNA dengan menggunakan PCR konvensional dan primer spesifik 16 SUNI-L/Saka-2b menghasilkan amplikon sebesar 1000 bp. Protokol rt-PCR dapat digunakan untuk mendeteksi tiga isolat Cronobacter sakazakii mulai siklus ke-4 sampai ke-30. Protokol ini menunjukkan spesifitas yang baik dengan kemampuan membedakan antara C. sakazakii dan C. muytjensii dengan suhu puncak pelelehan (Tm) sebesar 85,0-85,5 °C. Analisis L.plantarum menggunakan rt-PCR dengan primer 1541R/9F dan L.plantarum sa28k sebagai kultur standar, berhasil mengamplifikasi isolat L.plantarum sa28k dan beberapa isolat Lactobacillus sp. dengan kondisi sesuai PCR konvensional Protokol yang digunakan dapat mendeteksi spesies L.plantarum sa28k dan mengidentifikasi beberapa isolat Lactobacillus sp. ditandai dengan suhu pelelehan yang hampir sama yaitu 85,5 °C. IsoIasi DNA S. aureus juga berhasil dilakukan dengan metode yang dikembangkan yang ditunjukkan dengan pita DNA pada hasil elektroforesis isolat DNA. Amplifikasi dengan primer 63F dan 1387R menghasilkan produk PCR berukuran 1350 bp, sedangkan amplifikasi dengan primer 16sF dan 16sR3 menghasilkan produk PCR berukuran 240 bp. Suhu pelelehan (Tm) gen penyandi 16S rRNA S.aureus yang diamplifikasi baik dengan primer 63F/1387R maupun 16sF/16sR3 menggunakan rtPCR berkisar antara 83- 84,5 °C. Protokol rt-PCR yang dikembangkan mempunyai spesifisitas yang baik dan dapat digunakan untuk mendeteksi bakteri uji.