DNA Polymorphism Analysis of Turmeric (Curcuma longa L.) and Ginger (Curcuma xanthorrhiza Roxb) Local Plant Using RAPD’s Marker

Abstract

Turmeric (Curcuma longa L) and ginger (Curcuma xanthorrhiza Roxb) local plants widely spread and easily find throughout Indonesian region. It’s widely used as traditional medicine. Both of plants have Curcumin which has many health benefits, such as antiproliferative and antiinflamation activity. DNA polymorphism on both plants of Java Island has yet to be performed. Hence, the genetic analysis to determine the diversity of both plants are necessary. RAPD PCR technic can fulfill such purpose. The aim of this research are isolate genomic DNA of turmeric and ginger and determine the genetic patterns of these plants using RAPD PCR. PCR accomplished using 20 random primers OPA, OPB, OPC, and OPD (1-5). DNA extraction was accomplished using modified Zheng et al. (1995) method on 13 leaves of turmeric and ginger. The results showed that the primers are OPA-1, OPA-3, OPA-4, OPC-1, OPC-2, OPC-4, and OPD-4. In addition, there is are three amplifiable samples. They are Wonogiri ginger, Karang anyar ginger, and Wonogiri turmeric. Furthermore, the amplifiable samples has different genetic patterns on each random primer so 20 random primers that can be used as marker for fingerprint analysis.

Tanaman kunyit (Curcuma longa L.) dan temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb) lokal Indonesia yang tersebar dan mudah ditemukan di wilayah Indonesia banyak digunakan sebagai obat tradisional. Kandungan kurkumin pada kedua tanaman tersebut memiliki banyak khasiat kesehatan, yaitu sebagai obat antiproliferatif dan antiinflamasi. Adanya polimorfisme DNA pada kedua tanaman tersebut di beberapa lokasi Pulau Jawa belum diidentifikasi. Oleh karena itu, perlu dilakukan analisis genetik untuk menentukan keragaman kedua tanaman tersebut. Salah satu teknik yang biasa digunakan untuk analisis keragaman genetik adalah PCR RAPD. Tujuan penelitian ini mengisolasi DNA tanaman kunyit dan temulawak dan menentukan pola genetik tanaman tersebut dengan PCR RAPD. PCR dilakukan dengan menggunakan 20 primer acak OPA, OPB, OPC, dan OPD (1-5). Ekstraksi DNA menggunakan metode modifikasi Zheng et al. 1995 pada 13 sampel daun temulawak dan kunyit. Hasil menunjukkan bahwa primer yang dapat mengamplifikasi DNA sampel, yaitu: primer OPA-1, OPA-3, OPA-4, OPC-1, OPC-2, OPC-4, dan OPD-4. Selain itu, hanya tiga sampel yang dapat teramplifikasi, yaitu: temulawak Wonogiri, temulawak Karang Anyar, dan kunyit Wonogiri. Sampel yang teramplifikasi memiliki pola genetik yang berbeda yang dihasilkan oleh setiap primer acak sehingga kedua puluh primer acak dapat digunakan sebagai marka untuk analisis fingerprint.