Analisis keragaman genetik gen 16R-rRNA dan karakterisasi fisiologis bakteri asal usus udang vaname Litopenaeus vannamei dari berbagai umur

Abstract

Populasi mikroba usus sangat berperan dalam memelihara dan mempertahankan status kesehatan organisme dan secara keseluruhan memegang peran penting dalam produktivitas budidaya. Dalam penelitian ini dilakukan isolasi bakteri mikroflora normal asal usus udang vaname yang dipelihara di tambak perairan payau. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman genetik maupun fisiologis dari isolat-isolat yang terkumpul. Untuk pendekatan molekuler digunakan amplifikasi PCR terhadap gen target 16S-rRNA dengan teknik ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis), sedangkan karakterisasi fisiologis dilakukan dengan melakukan uji-uji biokimia dan morfologi sel. Sebanyak 45 isolat terseleksi dan 2 isolat referens yaitu bakteri V. harveyi digunakan dalam penelitian ini. Gen 16S-rRNA diamplifikasi dengan 3 pasang primer terpilih (yang paling sesuai untuk masing-masing isolat), yaitu primer 0008F berpasangan dengan 1524R , 63F berpasangan dengan 1387R, dan 0008F berpasangan dengan 1492RH. Hasil amplifikasi dipotong dengan enzim restriksi Sau3AI (5’-↓GATC). Pola ARDRA pada gel elektroforesis digunakan sebagai sumber data dan dilakukan input data matriks biner untuk kontruksi pohon filogenetika. Pohon filogenetika ini digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar jenis bakteri yang diisolasi. Berdasarkan analisis filogeninya, diketahui keragaman bakteri pada usus udang terdiri dari 30 OTU (Organism Taxonomy Unit) yang berbeda. Berdasarkan hasil karakterisasi fisiologisnya, secara umum bakteri usus udang umur 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan termasuk dalam genus Bacillus dan Kurthia. Kata kunci: Vaname, L. Vannamei, mikroflora usus, bakteri, ARDRA, analisis filogeni, karakterisasi fisiologis.