Analisis keragaman sejumlah isolat penyebab penyakit kudis (Sphaceloma batatas Saw.) pada ubi jalar dari beberapa daerah di Jawa Barat

Abstract

Penyakit kudis pada pertanaman ubi jalar (Ipomea batatas(L .) Lam.) yang disebabkan oleh cendawan Sphaceloma batatas Saw. (bentuk aseksual dari Elsinoe batatas (Saw.) Viegas & Jenkins) sangat merugikan. Variasi patogenisitas S. batatas terhadap berbagai klon ubi jalar mungkin disebabkan oleh variasi genetika S. batatas. Dari penelitian ini, keragaman genetika S. batatas diharapkan dapat diltetahui melalui analisis PCR-RFLP daerah ITS (internal transcribe spacer) dan 5.8s rDNA nukleus serta RAPD DNA total. Sepuluh isolat S. batatas diperoleh melalui spora tunggal atau cuplikan dari satu gejala kudis yang diambil pada tanarnan ubi jalar sakit dari daerah sekitar Bogor, Kuningan, dan Sukabumi. Semua isolat S. batatas memiliki morfologi koloni dan miselium sama. Dengan subkultur berulang-ulang daya tumbuh semua isolat menurun, dan beberapa isolat mengalami perubahan warna koloni pada medium ADK, namun perubahan warna koloni tersebut dapat berubah kembali menjadi warna koloni semula setelah ditumbuhkan pada medium yang mengandung 1.5% tepung daun ubi jalar. Panjang DNA ITS dan 5.8s rDNA dari semua isolat S. batatas sekitar 600 pasang basa (pb). Dengall menggunakan jenis primer sanla, hasil amplifikasi dari bercak-bercak kudis yang ada pada daun ubi jalar maupun kumpulan bercak-bercaknya juga menunjukkan ukuran yang sama, yaitu 600 pb. Sedangkan gejala bercak kudis yang ada pada daun ubi jalar tidak berhasil diamplifikasi. Analisis PCR-RFLP dari ITS dan 5.8s rDNA S batatas meilggunakan eilzim restriksi AluI, HaeI11, RsaI, MboI, MspI, Ifinfl, dan EcoRI tidak dapat me~lunjukkank eragaman DNAnya. Perubahan warna kololli isolat tidak berhubu~lgan dellgall pola RFLPnya. Pola PCR-RFLP ITS dan 5.8s rDNA dari seinua isolat S. bc~tatas yang tidak berbeda dapat digunakan untuk mendeteksi gejala kudis berbagai klon ubi jalar yang langsung diperoleh dari lapangan. Sebaliknya, RAPD dengan empat macam primer (OPA-02, OPA-03, OPA- 04, OPA-18) dapat lnel~unjukkan sedikitnya ada dua isolat yang berbeda secara genetika, yaitu kelompok isolat asal Bogor dan Kuningan. Isolat asal Sukabunli mempunyai pola keragamall mirip isolat asal Kuningan. Dengan demikian, analisis RAPD dalam penelitian ini memiliki derajat pembeda yang lebih tinggi daripada analisis PCR-RFLP DNA ITS.