Variasi DNA Mitokondria Gen Cytochrome B Lutung Kelabu (Trachypithecus cristatus Raffles 1821) Asal Perpat, Belitung

Abstract

Indonesia merupakan negara yang memiliki diversitas jenis primata yang tinggi. Salah satu jenis hewan yang tersebar paling luas di Indonesia adalah lutung kelabu (Trachypithecus cristatus). Lutung kelabu tersebar di Sumatra, Borneo, Batam, Natuna, Bangka dan Belitung. Rentang geografis area persebaran yang luas ini membentuk diversitas morfologi regional. Oleh karena itu, informasi genetik lutung kelabu menarik untuk dikaji lebih lanjut. Struktur genetik lutung kelabu di Sumatra, Kalimantan, Batam, Bangka, dan Natuna telah dipetakan sebelumnya, namun studi serupa belum mencakup Belitung yang juga merupakan salah satu area persebaran alami lutung kelabu. Hal ini menunjukkan adanya kekosongan data dalam penggambaran genetik spesies ini secara menyeluruh. Selain itu, studi terdahulu terkait struktur genetik lutung kelabu di area persebarannya hanya menggunakan sebagian runutan basa nukleotida gen cytochrome b (cytb). Oleh karena itu, perlu dilakukan analisis keseluruhan runutan gen cytb dari Belitung untuk mendapatkan gambaran yang lebih utuh terkait variasi genetik dan sejarah evolusi lutung kelabu. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik yang mampu mengamplifikasi keseluruhan gen cytb, menganalisis variasi genetik dan hubungan kekerabatan lutung kelabu asal Perpat, Belitung dengan populasi di Sumatra, Borneo, Batam, Bangka, dan Natuna berdasarkan gen cytb DNA mitokondria. Sampel feses lutung kelabu dikoleksi di Desa Perpat, Kecamatan Membalong, Kabupaten Belitung yang terbagi atas dua lokasi, yaitu area Gunung Kubing dan area kebun karet. Tahapan ekstraksi DNA sampel feses dilakukan berdasarkan protokol QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit dengan penambahan Carrier RNA. Tahapan amplifikasi DNA hasil ekstraksi dilakukan dengan metode PCR menggunakan dua pasang primer rancangan. Primer rancangan TC1_CYTB_F 5’-TAGTCATACAAAGCACCCGCAC-3’ dan TC1_CYTB_R 3’-CTGGATCACTTAAAAGGTCAGG-5’ dirancang untuk mengamplifikasi 800 basa pertama gen cytb sementara TC2_CYTB_F 5’-GGCTCATTTCTTCTCACCG AAA-3’ dan TC2_CYTB_R 3’-TCCGTTTCCAGTTTACAAGACT-5’ dirancang untuk mengamplifikasi 800 basa selanjutnya. Perunutan basa nukleotida (sekuensing) dilakukan di 1st BASE Amplicon Metagenomic Service Provider Malaysia. Analisis data hasil sekuensing dilakukan bersama sekuen gen cytb lutung kelabu yang diperoleh dari NCBI. Analisis data dilakukan menggunakan MEGA 12, DnaSP 6, dan Network 10.2.0. Penelitian ini mengungkapkan bahwa populasi lutung kelabu di Perpat, Belitung secara genetik terdiri atas dua kelompok, yaitu populasi lokal dan populasi yang berkerabat dekat dengan Borneo serta Sumatra. Temuan menjadi bukti adanya perpindahan lutung kelabu antar Pulau Belitung dan Borneo serta Pulau Belitung dan Sumatra yang diperkirakan terjadi pada masa glasial. Peristiwa kenaikan air laut pada 9.870 tahun lalu kemudian memisahkan Belitung dan pulau-pulau sekitarnya sehingga memutus aliran genetik secara alami. Variasi genetik unik lutung kelabu yang ditemukan di Perpat, Belitung menegaskan pentingnya konservasi berbasis genetik dan merepresentasikan satuan konservasi seperti Evolutionary Significant Unit (ESU) untuk menjaga keunikan populasi lutung kelabu di Belitung.