Keragaman gen Toll-Like Receptor4 pada ayam lokal dan persilangan kampung - broiler

Abstract

Ayam kampung merupakan salah satu ayam lokal Indonesia yang telah terkenal dengan kelezatan dan ketahanannya terhadap penyakit, terutama tahan terhadap Salmonella. Salah satu penciri genetik ketahanan ayam pada bakteri ini adalah gen Toll-like Receptor 4 (TLR4). TLR4 (toll-like receptor 4) merupakan gen pengkode protein TLR4 yang mengontrol sinyal imun non spesifik sebagai pertahanan pertama terhadap serangan bakteri S. entiritidis. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman gen TLR4 pada ayam lokal Indonesia dan persilangannya (kampung, broiler, KB, KBKB, BK, kapas, sentul, dan merawang). Gen TLR4 berhasil digenotyping pada 214 ayam dengan teknik PIRA-PCR. Genotyping dilakukan pada exon 2 dengan panjang produk 220 bp. Enzim restriksi MscI memotong produk PCR dengan panjang fragmen 196 bp dan 24 bp, diperoleh dua alel (G dan A), dan tiga genotipe (GG, AG, dan AA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam KBKB, KB, kampung, merawang, dan sentul bersifat polimorfik (0.05-0.33). Ayam broiler, BK, dan kapas bersifat monomorfik. Keragaman tertinggi ditunjukkan oleh rumpun ayam lokal yaitu kampung, merawang, dan sentul. Nilai PIC tertinggi berada pada ayam lokal (ayam kampung) dengan kategori sedang (0.40). Kata kunci : ayam lokal, genotyping, keragaman, TLR4