Analisis filogenetik kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) menggunakan marka simple sequence repeat

Abstract

Produktivitas kelapa sawit dapat ditingkatkan dengan pemuliaan tanaman. Studi kekerabatan dengan marka SSR membantu dalam pemilihan tetua untuk program pemuliaan. Persilangan kelapa sawit dengan jarak genetik jauh dapat menghasilkan keturunan superior berpotensi menjadi kandidat varietas unggul kelapa sawit. Penelitian ini bertujuan menganalisis kekerabatan beberapa aksesi kelapa sawit dan mendapatkan primer SSR dengan tingkat polimorfisme tinggi sehingga dapat digunakan untuk analisis filogenetik. Empat puluh sembilan aksesi kelapa sawit dianalisis menggunakan 20 marka SSR. Marka SSR dipilih berdasarkan tingkat polimorfime dan penyebarannya pada tiap 16 kromosom kelapa sawit. Dendogram dibuat berdasarkan metode Unweighted Pair Group Method Arithmetic (UPGMA) dengan menggunakan software NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.1. Tiga puluh sembilan pasang primer memiliki tingkat polimorfisme pada kisaran 32%-92%. Tingkat kekerabatan dari 49 aksesi kelapa sawit yang dianalisis dengan 20 marka SSR berada pada kisaran 55.28%-87.50%. Nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 55.28% dapat membagi populasi kelapa sawit menjadi tujuh kelompok masing-masing terdiri atas 9, 28, 4, 2, 1, 2, dan 3 aksesi. Berdasarkan nilai koefisien kemiripan genetik, dapat dilakukan pemilihan calon tetua untuk pemuliaan kelapa sawit. Kata kunci: keragaman genetik, marka SSR, kelapa sawit.