Validasi single nucleotide polymorphisms (SNP) berbasis genom dan pemanfaatannya untuk uji kekerabatan 50 varietas kedelai

Abstract

Kedelai adalah salah satu tanaman pangan yang banyak diimpor untuk memenuhi kebutuhan masyarakat Indonesia. Usaha peningkatan produktivitas dapat dilakukan dengan marka molekuler Single Nucleotide Polymorphism (SNP) yang dihasilkan dengan metode Next Generation Sequencing (NGS). Single Nucleotide Polymorphism (SNP) perlu divalidasi untuk dapat dimanfaatkan sebagai marka molekuler. Tujuan penelitian ini adalah melakukan validasi SNP hasil sekuensing genom dengan menggunakan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Metode identifikasi SNP yang digunakan adalah SNAP. Hasil validasi SNP menunjukkan bahwa 11 dari 19 primer SNAP dinyatakan valid. Rerata nilai Polymorphisms Information Content (PIC) yang dihasilkan oleh sebelas marka SNAP tersebut sebesar 0.249 dengan nilai heterozigositas sebesar 0.000. Beberapa varietas dari 50 varietas kedelai belum mampu dibedakan oleh sebelas marka SNAP secara genetik