Marka Molekuler untuk Mendeteksi Xanthomonas oryzae pv. oryzae Asal Jawa Barat dan Karakterisasi Patogenik Secara In Vivo

Abstract

ra In Vivo. Dibimbing oleh SURYANI dan A. ZAENAL MUSTOPA Hawar daun bakteri (HDB) adalah penyakit serius pada padi yang dapat mengurangi hasil panen. Penyakit ini disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv oryzae (Xoo). Upaya yang telah dilakukan untuk mengendalikan HDB diantaranya penggunaan antibiotik, kombinasi pupuk, sanitasi, kombinasi antagonis Pantoea agglomerans, Pseudomonas fluorescens, dan Bacillus subtilis dan penggunaan varietas tahan HDB. Meledaknya kasus HDB di Indonesia khususnya Jawa Barat, maka perlu dilakukan peninjauan dan evaluasi kembali penyakit ini agar dapat dilakukan penanganan yang tepat. Penelitian ini bertujuan mendeteksi Xoo asal Jawa Barat dengan menggunakan marka molekuler dan mengetahui tingkat virulensinya dengan karakterisasi patogenik secara in vivo. Tahapan penelitian yang dilakukan adalah isolasi bakteri Xoo berdasarkan morfologinya, deteksi bakteri dengan marka molekuler, dan karakterisasi patogenik bakteri Xoo secara in vivo dengan varietas padi yang tahan HDB (IRBB7 dan Conde) dan varietas rentan HDB (IR64 dan TN 1). Hasil identifikasi 240 isolat bakteri penyebab infeksi tanaman padi dari 50 lokasi di Jawa Barat dengan tiga pasang primer spesifik (XO1, Xoo4009, dan Xoo2976) menunjukkan hanya empat isolat yang positif Xoo, yaitu isolat 6D (Cicalengka-Bandung), 17D (Sindang Karya-Karawang), 19D (Rawamerta-Karawang), dan 21D (Teluk Jambe-Karawang). Isolat 6D digunakan untuk analisis lebih lanjut yaitu tahap sequencing yang menunjukkan kemiripan 98 % pada forward dan 96 % pada reverse dengan Xoo PX099A strain Filipina, Xoo MAFF311018 strain Jepang, dan Xoo KACC10331 strain Korea. Karakter patogenitas secara in vivo menunjukkan tingkat kerusakan tertinggi terjadi pada varietas padi TN 1. Varietas IRBB7 dan Conde telah memasuki status agak rentan HDB. Tingkat virulensi tertinggi terjadi pada isolat 6D dan terendah terjadi pada isolat 21D. Intensitas penyakit HDB pada tanaman fase bibit lebih tinggi dibanding dengan fase dewasa.