Pendekatan Similarity Search dan Penambatan Molekul Senyawa Butyrolactone III terhadap Enzim α-Glukosidase sebagai Inhibitor

Abstract

Obat-obat komersil yang tersedia dengan mekanisme penghambatan enzim α-glukosidase memiliki efek samping. Oleh karena itu, proses penelitian masih melakukan pencarian dan pengembangan senyawa baru dengan potensi inhibisi kuat dan efek samping lebih kecil. Kandidat inhibitor, butyrolactone III, mampu menghambat aktivitas enzim α-glukosidase secara in vitro. Penelitian ini bertujuan mencari kandidat baru inhibitor α-glukosidase menggunakan pendekatan similarity search terhadap butyrolactone III. Langkah penelitian antara lain, preparasi struktur protein, pencarian ligan-ligan uji berbasis similarity search, validasi gridbox, penapisan virtual, identifikasi interaksi kompleks enzim-ligan, dan prediksi toksisitasnya. Hasilnya diperoleh struktur kristal dengan PDB ID 3L4U dan 46 ligan uji. Terdapat tujuh ligan yang lolos penapisan virtual, namun tiga diantaranya tidak lolos uji prediksi toksisitas. Ligan terbaik yang diperoleh adalah asperjinone, ligan dari A. terreus, dengan nilai energi bebas Gibbs dan Kd terendah. Seluruh interaksi kompleks asperjinone-enzim berada pada situs pengikatan substrat enzim.