Desain Primer dan Validasi 20 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Kedelai Menggunakan Hasil Sekuensing Sanger.

Abstract

Keberadaan SNP pada genom kedelai khususnya Anjasmoro, Tanggamus dan Wilis telah terdeteksi melalui teknologi Next generation sequencing (NGS) Illumina namun masih berpeluang sebagai false SNP sehingga perlu dilakukan validasi. Validasi SNP dilakukan menggunakan sekuensing Sanger produk PCR yang sebelumnya diamplifikasi menggunakan primer. Tujuan penelitian ini adalah melakukan desain primer dan validasi SNP yang terdeteksi dari NGS menggunakan sekuensing Sanger. Sebanyak 20 pasang primer STS didesain menggunakan program Primer3 berhasil mengamplifikasi DNA genom kedelai Tanggamus. Terdapat 19 SNP yang terdeteksi dari 20 SNP yang diuji. Hasil validasi SNP menunjukkan bahwa terdapat 16 dari 19 SNP benar keberadaan karena memiliki alel yang sesuai dengan alel alternatif. Sebanyak 3 dari 19 SNP tidak benar keberadaannya dalam genom kedelai Tanggamus karena memiliki alel yang sama dengan alel referensi William 82.