Kloning DNA Dari Tebu (Saccharum officinarum L.) Sebagai Penanda Molekuler

Abstract

Keragaman genetik tetua tebu yang dewasa ini digunakan dalam persilangan cenderung semakin menyempit karena digunakannya varietas tebu komersial. Saccharum officinarum merupakan salah satu tetua untuk pembentukan varietas-varietas tebu komersial. Sejauh ini evaluasi keragaman terhadap species Saccharum officinarum masih terbatas pada pengamatan sifat-sifat morfologis dan sitologisnya. Sifat-sifat morfologis diketahui selain dikendalikan secara genetik, juga sangat dipengaruhi oleh lingkungan. Pemanfaatan teknik-teknik biologi molekuler untuk mempelajari keragaman genetik tebu masih jarang dilakukan dibanding penggunaan teknik ini untuk tanaman budidaya yang lain. Dalam penelitian ini, vektor yang digunakan adalah plasmid pUC 19. Bahan tanaman tebu untuk isolasi DNA genom didapatkan dari Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia (P3GI) Pasuruan Jawa Timur. Disamping itu, DNA genom tebu diisolasi dari klon POJ 2878 oleh P3GI Pasuruan dan klon BB 939 oleh Balitbio Cimanggu Bogor. Empat macam pustaka DNA dibuat dengan enzim yang berbeda, yaitu: (a). Pustaka 1 dengan enzim PstI, karena umumnya enzim PstI menghasilkan DNA kopi tunggal, (b). Pustaka 2 dengan enzim EcoRI, karena pada banyak tanaman enzim tersebut menghasilkan DNA kopi berulang, (c). Pustaka 3 dengan dua macam enzim (PstI dan EcoRI) dan dengan mengekstrak DNA dari gel agarose (elution) yang ber- ukuran 0.5-4.4 kb sebagai potongan yang akan diklon, dan (d). Pustaka 4 dengan enzim EcoRI dan dengan mengambil pita DNA yang menyolok diantara potongan DNA hasil elektroforesis gel agarose sebagai potogan yang akan diklon…dst