Analisis In silico Potensi Senyawa Mirisitrin Sebagai Inhibitor IKKβ dan TLR2 dalam Meredam Badai Sitokin yang Disebabkan SARS-CoV-2

Abstract

COVID19 menyebabkan banyak kasus kematian melalui inflamasi dari badai sitokin. Protein E dari SARS-CoV-2 bersifat sebagai agonis TLR2 (Toll-like receptor 2) yang menjadi pemicu kaskade sinyal inflamasi Nf-ᴋβ (nuclear factor kappa B). Flavonoid terbukti dapat menjadi inhibitor untuk IKKβ (inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta) dan TLR2. Mirisitrin merupakan flavonoid yang terdapat di daun salam (Syzygium polyanthum). Penelitian ini bertujuan menganalisis dan mengevaluasi senyawa mirisitrin sebagai penghambat IKKβ dan TLR2 dalam jalur Nf-ᴋβ dengan penambatan molekuler. Berdasarkan hasil, mirisitrin lolos pengujian Lipinski dan tidak toksik untuk dikonsumsi. Penambatan mirisitrin dengan IKKβ mendapatkan hasil energi bebas dan konstanta inhibisi yang kecil dengan nilai -8.6220 kkal/mol dan 0.471 μM. Penambatan mirisitrin dengan TLR2 juga mendapatkan hasil yang bernilai kecil yaitu -8.2020 kkal/mol dan 0.958 μM. Mirisitrin membentuk banyak ikatan hidrogen serta berikatan pada situs aktif yang mempunyai peran penting di IKKβ dan TLR2 sehingga berpotensi sebagai inhibitor.

Numerous death cases have been reported due to COVID-19-induced inflammation caused by cytokine storms. The E protein from SARS-CoV-2 has been identified as an agonist of Toll-like receptor 2 (TLR2), which triggers the nuclear factor kappa B (Nf-ᴋβ) inflammation signaling cascade. Previous research has demonstrated that flavonoids can serve as inhibitors for IKKβ (inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta) and TLR2. Myricitrin is a flavonoid found in bay leaf (Syzygium polyanthum). The purpose of this research is to evaluate myricitrin as an inhibitor for IKKβ and TLR2 of the Nf-ᴋβ pathway with molecular docking. Results showed that myricitrin passed the Lipinski test and was non-toxic. The binding of myricitrin with IKKβ yielded a small free energy and inhibition constant with values of -8.6220 kcal/mol and 0.471 μM, respectively. The docking of myricitrin with TLR2 also yielded low value results, namely -8.2020 kcal/mol and 0.958 μM, respectively. Myricitrin formed numerous hydrogen bonds and bound to active sites that play a vital role in IKKβ and TLR2, indicating its potential as an inhibitor.