Desain Primer Reverse Transcription LoopMediated Isothermal Amplification untuk Aplikasi Deteksi SARS-CoV-2

Abstract

Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) merupakan metode deteksi baru yang dapat menangani pelacakan kasus Covid-19 secara cepat, sederhana, murah, dan akurat. Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer RT-LAMP menggunakan sekuen genom SARS-CoV-2 yang berasal dari Indonesia dan beberapa negara lain yang mewakili lima benua di dunia, serta mewakili lima variant of concern. Metode yang digunakan adalah preparasi sekuen, uji homologi, identifikasi daerah target, desain primer, identifikasi primer, dan uji spesifitas primer secara in silico. Hasil penelitian diperoleh set primer T1_9 dengan urutan basa F3: CACTGAGACTCATTGATGCTATG, B3: CCAACCGTCTCTAAGAAACTCT, F2: GTTCACATCTGATTTGGCTACT, F1c: GAAGTCAACTGAACAACACCACCT, B2: CCTTCCTTAAACTTCTCTTCAAGC, B1c: GTGGCTAACTAACATCTTTGGCACT, LB: TGAAAAACTCAAACCCGTCCTTG memenuhi parameter ideal dan memiliki spesifitas terbaik sehingga dapat digunakan untuk uji lanjutan secara in vitro menggunakan metode RT-LAMP.