Asal-Usul dan Hubungan Kekerabatan Sapi Galekan Berdasarkan Genom D-loop DNA Mitokondria
Date
2022Author
Salimah, Inas
Farajallah, Achmad
Perwitasari, Rd. Roro Dyah
Metadata
Show full item recordAbstract
Sapi Galekan merupakan salah satu hewan ternak lokal Indonesia. Sapi lokal
Indonesia sebagai sumber daya genetik yang berasal dari persilangan antara sapi
asli Indonesia dengan sapi yang berasal dari luar yang telah masuk ke Indonesia
dan telah ditetapkan sebagai sapi lokal Indonesia. Sapi Galekan diperkirakan
berasal dari persilangan antara Bos indicus dan Bos javanicus CERZA. Pernyataan
lain diperkirakan merupakan hasil persilangan antara Peranakan ongole (PO)
dengan sapi Bali. Informasi genetik mengenai sapi Galekan belum tercatat dengan
baik dan masih terdapat perbedaan data penelitian. Penelusuran sejarah asal-usul
dan hubungan kekerabatan sapi dapat dilakukan dengan menganalisis daerah d-loop
DNA mitokondria (mtDNA). Setiap individu yang memiliki indukan yang sama
akan memiliki tipe mtDNA yang sama. Hal ini disebabkan mtDNA diturunkan
melalui garis maternal.
Sapi lokal merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki peran penting
terhadap kehidupan manusia dan industri ternak Indonesia. Persilangan dan
pengembangan sapi lokal Indonesia menyebabkan terbentuknya keragaman genetik
dan keterkaitan atau hubungan kekerabatan diantaranya. Penelitian ini diharapkan
dapat membantu peningkatan program pemuliaan dan pelestarian sapi Galekan.
Data molekuler telah menghasilkan informasi mengenai sejarah dan nenek moyang
rumpun sapi. Untuk memahami tentang pewarisan induk atau secara maternal pada
sapi Galekan, kami mengalisis urutan nukleotida daerah d-loop serta menganalisis
hubungan kekerabatan (filogenetik) antara sapi Galekan dengan sapi Pasundan dan
sapi Donggala.
Sampel darah sapi yang digunakan sebanyak 30 sampel yaitu 16 sampel dari
sapi Galekan yang diambil melalui vena jugularis sapi Galekan dari Unit Pelaksana
Teknis Daerah (UPTD) Pusat Pembibitan Ternak dan RPH Dinas Pertanian dan
Pangan Kabupaten Trenggalek, Provinsi Jawa Timur, Indonesia. 11 sampel DNA
sapi Pasundan berasal dari Pusat Penelitian untuk Bioteknologi, Badan Riset dan
Inovasi Nasional (BRIN) dan 3 sampel sapi Donggala berasal dari koleksi sampel
Prof. Dr. Jakaria, S. Pt., M.Si. Fakultas Peternakan, IPB. Sampel darah tersebut
diamplifikasi dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Amplifikasi
daerah d-loop dilakukan menggunakan sepasang primer AF22 dan AF23 yang
mengapit ujung 3’ gen cyt b hingga ujung 3’ daerah d-loop. Data sekuen d-loop
diedit dan disejajarkan dengan sekuen referensi dari Genbank menggunakan
CrustalW dalam program MEGA 7.0. Perhitungan jarak genetik menggunakan
perhitungan pairwise distance dan rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis
menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) berdasarkan model Kimura-2-
parameter (K2P).
Hasil sekuensing didapatkan runutan sekuen d-loop DNA dengan panjang
bervariasi yang disebabkan oleh insersi maupun delesi. Terdapat ruas berulang
(tandem repeat) dengan panjang 22 nt ditemukan dalam runutan basa nukleotida
11 sampel sapi Galekan dengan motif GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Hasil
analisis filogenetik di daerah d-loop menunjukkan dua clade (kelompok); Bos
indicus dan Bos javanicus CERZA. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa sapi
Galekan berasal dari dua garis keturunan maternal seperti sapi lokal Indonesia
lainnya. Sapi Galekan memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan spesies
pembanding dari sapi Pasundan dan sapi Donggala.