Analisis Senyawa Fenolik Jati Putih (Gmelina arborea Roxb.) sebagai Inhibitor Papain-Like Protease SARS-CoV-2 Secara In Silico

Abstract

Pandemi COVID-19 adalah sebuah krisis global yang terjadi di seluruh dunia. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) yang menjadi penyebab COVID-19 diketahui menyandikan Papain-Like Protease (PLpro), sebuah enzim esensial untuk memproses poliprotein virus. Jati putih (Gmelina arborea Roxb.) adalah sebuah tanaman dari famili Verbenaceae. Kulit kayu jati putih diharapkan berpotensi dalam menghambat PLpro SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi dan mekanisme penghambatan senyawa fenolik kulit kayu jati putih terhadap PLpro SARS-CoV-2 dengan melakukan docking pada YASARA dan visualisasi menggunakan PyMol dan Discovery studio. Parameter yang digunakan berupa energi bebas Gibbs (ΔG), konstanta disosiasi (KD), dan ikatan yang terbentuk antara kompleks reseptor-ligan. Ligan dengan potensi terbaik adalah balanophonin dan gmelinol dikarenakan ikatan yang terbentuk serta nilai energi ΔG yang dimiliki yaitu sebesar -6.999 Kkal/mol dan -6.243 Kkal/mol.

The COVID-19 pandemic is a global crisis happening all over the world. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), which causes COVID-19, encodes Papain-Like Protease (PLpro), an enzyme essential for processing viral polyproteins. White teak (Gmelina arborea Roxb.) is a plant from the Verbenaceae family. White teak bark is expected to have the potential to inhibit PLpro SARS-CoV-2. This study aimed to analyze the interaction and the inhibition mechanism of phenolic compounds from white teak bark against PLpro SARS-CoV-2 by molecular docking using YASARA and visualization using PyMol and Discovery studio. The parameters used are Gibbs free energy (ΔG), dissociation constant (KD), and the bond formed between the receptor-ligand complex. The best potential ligands are balanophonin and gmelinol based on the bonds formed and the ΔG energies, which are -6.999 Kcal/mol dan -6.243 Kcal/mol.