Studi In silico Senyawa Alami Kulit Kayu Gmelina arborea terhadap RNA-dependent RNA polymerase SARS-CoV-2
Date
2022Author
Werdiningsih, Pertiwi
Falah, Syamsul
Ambarsari, Laksmi
Metadata
Show full item recordAbstract
SARS-CoV-2 menyebabkan sindrom pernafasan akut dan telah
menginfeksi banyak korban dari berbagai negara. SARS-CoV-2 menggunakan
RNA-dependent RNA polymerase untuk melakukan replikasi dan transkripsi
genom virus. Tanaman gmelina dapat dimanfaatkan sebagai obat tradisional.
Penelitian bertujuan menganalisis interaksi senyawa alami kulit kayu gmelina
(Gmelina arborea Roxb) dalam menghambat enzim RNA-dependent RNA
polymerase SARS-CoV-2 melalui penambatan molekuler serta menganalisis sifat
farmakokinetik dan toksisitas senyawa. Gmelinol (∆G -6.192 kkal/mol) lebih
unggul dibanding ligan uji lainnya berdasarkan nilai energi bebas ikatan, interaksi
dengan residu aktif, dan analisis Lipinski. Hasil prediksi ADME menyatakan
bahwa gmelinol berperan sebagai substrat dan inhibitor CYP3A4. Hasil prediksi
toksisitas oral menyatakan bahwa gmelinol termasuk senyawa kelas IV yang
berarti berbahaya jika tertelan. SARS-CoV-2 causes acute respiratory syndrome and has infected many
people in various countries. SARS-CoV-2 uses an RNA-dependent RNA
polymerase enzyme for replication and transcription of the viral genome. Gmelina
plants can be used as traditional medicine. This study aimed to analyze the
interaction of natural compounds in the gmelina bark (Gmelina arborea Roxb) in
inhibiting the enzyme of SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase by
molecular docking, analyze the pharmacokinetic properties, and toxicity.
Gmelinol (∆G -6.192 kcal/mol) was better than other ligands based on binding
free energy, interactions with active residues, and Lipinski analysis. ADME
prediction stated that gmelinol acts as a substrate and inhibitor of CYP3A4. Oral
toxicity prediction stated that gmelinol is a class IV compound which harmful if
swallowed.
Collections
- UT - Biochemistry [1235]