Struktur Genetik Gallus varius di Lombok, Sumbawa, Jawa dan Madura Berdasarkan mtDNA Control Region Bagian Middle-Lower

Abstract

Ayam hutan hijau (Gallus varius Shaw 1798) adalah salah satu spesies burung terestrial yang diklasifikasi ke dalam ordo Galliformes, famili Phasianidae dan bergenus Gallus. Gallus varius merupakan spesies ayam hutan endemic Indonesia yang persebaran alaminya terdapat di pulau Jawa, Madura, Bawean, Kangean, Bali dan di Kepulauan Sunda Kecil. Spesies ini tercatat memiliki nilai keragaman genetik yang tinggi, berdasarkan informasi genetik dari mtDNA. Informasi genetik dari mtDNA yang banyak digunakan untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari G. varius adalah bagian ujung 5’ dari control region. Bagian-bagian lain dari mtDNA masih terbatas penggunaannya untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari spesies ini. Sehingga, penggambaran keragaman genetik G. varius masih terbatas, padahal spesies ini mempunyai endemisitas yang unik yang terletak pada daerah persebarannya yang tidak terbatas di satu area (pulau). Naiknya popularitas dari G. varius di mata masyarakat sebagai hewan peliharaan dan sebagai salah satu indukan untuk pembentukan breed ayam lokal, menyebabkan meningkatnya perburuan terhadap spesies ini di alam liar sehingga sumberdaya genetik dari G. varius di setiap daerah persebarannya menjadi terancam. Oleh karena hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan variasi dan struktur genetik dari G. varius di Lombok, Sumbawa, Jawa dan Madura berdasarka sekuen DNA control region bagian middle-lower. DNA genom diekstraksi dari ujung calamus bulu G. varius menggunakan kit ekstraksi DNA untuk jaringan, kemudian sekuen DNA control region bagian middle-lower diamplifikasi dan disekuensing menggunakan dua pasang primer yang didisain dari G. varius (NC_007238.1). Tiga belas pasang basa (pb) variasi nukleotida ditemukan dengan nilai keragaman nukleotida 0,0021. Terbentuk tujuh haplotipe antara G. varius sampel dan referensi, dengan nilai keragaman haplotipe 0,7692 dan terdeteksi 5 haplotipe spesifik dan 2 haplotipe bersama (shared haplotype). Keanekaragaman haplotipe yang tinggi, dapat terjadi karena berbagai faktor, seperti ukuran populasi, waktu generasi, dan keragaman genetik nenek moyang (ancestor) atau generasi sebelumnya. Terdapatnya kemungkinan G. varius terdiri dari lebih dari 1 subspesies berdasarkan jarak genetik yang ada, dan juga adanya differensiasi populasi pada G. varius berdasarkan hasil konstruksi network haplotipe.