Karakteristik Molekuler Subunit Gen pmoB Enzim Metan Monooksigenase dari Tiga Tipe Bakteri Metanotrof

Abstract

Karakterisasi secara molekuler bertujuan untuk menjabarkan perbedaan karakteristik molekuler subunit pmoB dari tiga tipe bakteri metanotrof. Enzim ini merupakan karakter khusus pada bakteri metanotrof yang berfungsi dalam mereduki gas metana sehingga peran dan kontribusinya aktif dalam penurunan dampak pemanasan global. Karakterisasi ini dapat dijadikan acuan untuk melakukan penelitian laboratorium lanjutan mengenai bakteri Metanotrof. Karakterisasi yang digunakan yaitu analisis ukuran gen dengan Blast-N, analisis genom dengan GGDC, analisis FCGR dan GC content Plotgen gen pmoB konstruksi pohon filogenetik serta analisis sekuen nukleotidan dan sekuen asam amino bakteri metanotrof. Metanotrof terdiri atas tipe I, II, dan X. Karakterisasi dari 3 tipe ini terlihat pada perbedaan ukuran gen, yaitu rentang 1,1-1,2 kb. Perbedaan terkecil kandungan GC dalam DDH terlihat pada tipe II dengan persantesi rata-rata 1,3%. Tipe II memiliki kandungan persen content GC tertinggi, yaitu 62,33%. Kekerabatan terdekat yaitu tipe X dan tipe I dengan acuan bakteri Methylocystis capsulatus, dengan nilai 96%.

Molecular characterization aims to describe the differences in the molecular characteristics of the pmoB subunit of the pMMO enzyme. This enzyme is a special character in methanotrophic bacteria which functions in reducing methane gas so that its role and contribution is active in reducing the impact of global warming. This characterization can be used as a reference for conducting further laboratory research on MMO bacteria. The characterizations used were analyzing gene size with Blast-N, genome analysis with GGDC, analysis of FCGR and GC content of Plotgen pmoB phylogenetic analysis, sequence analysis and physicochemical analysis of amino acids pmoB. The MMO type consists of types 1, 2, and X. The characterization of these 3 types is seen in gene size 1,1 to 1,2 kb. The smallest difference in GC content in DDH is seen in type 2 with an average percentage of 1,3%. Type 2 has the highest percentage of GC content, which is 62,33%. The closest relative is in type X with the reference of Methylocystis capsulatus bacteria, with a value of 96%.