Analisis In Silico Senyawa Aktif Kulit Kayu Gmelina (Gmelina arborea) Terhadap Penghambatan 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376
Date
2021Author
Dewi, Lukas Larasati Sukma
Falah, Syamsul
Ambarsari, Laksmi
Kurniasih, Rini
Metadata
Show full item recordAbstract
SARS-CoV-2 merupakan virus yang saat ini menyebar ke seluruh dunia, salah satunya yaitu Indonesia. Virus SARS-CoV-2 dapat menyebabkan penyakit COVID-19 dengan berbagai gejala dan dapat menyebabkan kematian. Replikasi virus ini disebabkan adanya aktivitas protein 3C-like Protease. Potensi penghambatan 3C-like Protease oleh senyawa aktif pada kulit kayu gmelina dapat dianalisis secara in silico untuk melihat interaksi senyawa dengan reseptor. Penelitian ini bertujuan mempelajari interaksi antara senyawa aktif kulit kayu gmelina (Gmelina arborea) dalam menghambat reseptor 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376 melalui uji in silico dengan parameter energi bebas Gibbs (ΔG), konstanta inhibisi, ikatan hidrogen, dan interaksi hidrofobik. Potensi terbaik terlihat pada Balanophonin dengan ΔG -6.6 kkal/mol dan Ki -14.43 μM. Ikatan hidrogen yang dihasilkan sebanyak satu dan interaksi hidrofobik yang dihasilkan sebanyak 15. Berdasarkan parameter tersebut, kulit kayu gmelina berpotensi dalam menghambat 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376. Kata kunci: Molecular docking, SARS-CoV-2, senyawa aktif, 3C-like Protease SARS-CoV-2 was a virus that spread all over the world nowadays, one of them was Indonesia. The SARS-CoV-2 virus was able to cause COVID-19 disease with various symptoms and was able to cause death. The replication of this virus was due to protein of 3C-like Protease activity. Inhibition potential of 3C-like Protease by active compounds on gmelina’s bark can be analyzed in silico to see compounds interaction with the receptor. This research aimed to study the interaction between active compounds of gmelina’s bark (Gmelina arborea) in inhibiting the receptor of SARS-CoV-2 3C-like Protease from Indonesia with the parameter of Gibbs free energy (ΔG), inhibition constant, hydrogen bond, and hydrophobic interaction. Best potential was seen on Balanophonin with ΔG -6.6 kcal/mol and Ki -14.43 μM. Based on that parameter, gmelina’s bark had the potential in inhibiting SARS-CoV-2 3C-like Protease from Indonesia. Keywords: Active compounds, molecular docking, SARS-CoV-2, 3C-like Protease
Collections
- UT - Biochemistry [1327]