Analisis Potensi Senyawa Aktif Meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap Penghambatan Enzim 3CLpro SARS-CoV-2 EPI_ISL_576383 dengan Penambatan Molekuler

Abstract

Coronavirus disease 2019 (COVID- 19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona SARS-CoV-2. Enzim 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) berperan dalam siklus hidup SARS-CoV-2 sebagai enzim kunci dalam replikasi dan transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi molekuler senyawa aktif meniran terhadap reseptor 3CLpro dari SARS-CoV-2 asal Indonesia EPI_ISL_576383 dan menentukan senyawa aktif meniran sebagai inhibitor enzim 3CLpro SARS-CoV-2. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu penambatan molekuler menggunakan aplikasi YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan dari 49 senyawa aktif meniran terdapat tujuh senyawa aktif yang memiliki afinitas pengikatan terhadap 3CLpro antara lain ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin dan niranthin. Senyawa aktif ellagic acid menjadi ligan terbaik dengan energi bebas ikatan (∆G) -4.296 kkal/mol yang berinteraksi dengan 13 residu asam amino. Hasil penelitian dapat digunakan sebagai acauan dalam studi in vitro dan in vivo terhadap enzim 3- Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) SARS-CoV-2.

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by infection of coronavirus, SARS-CoV-2. The 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) acts as a key enzyme in the replication and transcription of SARS-CoV-2 virus life cycle. This study aims to analyze the molecular interaction and determine the best ligand from the active compounds in Phyllanthus niruri L. against the 3CLpro receptor from Indonesian EPI_ISL_576383 in SARS-CoV-2 coronavirus. Molecular docking was conducted using YASARA Structure application. The results from 49 active compounds showed seven active compounds that exhibit affinity binding to 3CLpro, such as ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin and niranthin. Ellagic acid is determined as the best ligand out of all the active compounds with free energies of binding (∆G) - 4,296 kcal/mol and shown interaction with 13 amino acid residues. These results can be further used as a reference for in vitro and in vivo studies of SARS-CoV-2 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro).