Analisis Potensi Senyawa Aktif Meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap Penghambatan Enzim 3CLpro SARS-CoV-2 EPI_ISL_576383 dengan Penambatan Molekuler
Date
2021Author
Nuraeni, Santi
Hasim
Pratama, Rahadian
Kurniasih, Rini
Metadata
Show full item recordAbstract
Coronavirus disease 2019 (COVID- 19) merupakan penyakit yang
disebabkan oleh infeksi virus corona SARS-CoV-2. Enzim 3-Chymotrypsin-Like
Protease (3CLpro) berperan dalam siklus hidup SARS-CoV-2 sebagai enzim kunci
dalam replikasi dan transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi
molekuler senyawa aktif meniran terhadap reseptor 3CLpro dari SARS-CoV-2 asal
Indonesia EPI_ISL_576383 dan menentukan senyawa aktif meniran sebagai
inhibitor enzim 3CLpro SARS-CoV-2. Metode yang digunakan dalam penelitian
ini yaitu penambatan molekuler menggunakan aplikasi YASARA Structure. Hasil
penelitian menunjukkan dari 49 senyawa aktif meniran terdapat tujuh senyawa aktif
yang memiliki afinitas pengikatan terhadap 3CLpro antara lain ellagic acid, lupeol,
hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin dan niranthin.
Senyawa aktif ellagic acid menjadi ligan terbaik dengan energi bebas ikatan (∆G)
-4.296 kkal/mol yang berinteraksi dengan 13 residu asam amino. Hasil penelitian
dapat digunakan sebagai acauan dalam studi in vitro dan in vivo terhadap enzim 3-
Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) SARS-CoV-2. Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by infection of
coronavirus, SARS-CoV-2. The 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) acts as a
key enzyme in the replication and transcription of SARS-CoV-2 virus life cycle.
This study aims to analyze the molecular interaction and determine the best ligand
from the active compounds in Phyllanthus niruri L. against the 3CLpro receptor
from Indonesian EPI_ISL_576383 in SARS-CoV-2 coronavirus. Molecular
docking was conducted using YASARA Structure application. The results from 49
active compounds showed seven active compounds that exhibit affinity binding to
3CLpro, such as ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl
brevifolincarboxylate, quercetin and niranthin. Ellagic acid is determined as the
best ligand out of all the active compounds with free energies of binding (∆G) -
4,296 kcal/mol and shown interaction with 13 amino acid residues. These results
can be further used as a reference for in vitro and in vivo studies of SARS-CoV-2
3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro).
Collections
- UT - Biochemistry [1327]