Determinasi Temperatur Annealing Optimum dan Uji Efisiensi Primer IFN terhadap Plasmid Rekombinan pNZ8148-IFN

Abstract

Plasmid rekombinan pNZ8148-IFN merupakan plasmid pNZ8148 yang telah disisipkan dengan gen penyandi human interferon α-2b codon optimized. Plasmid pNZ8148-IFN telah digunakan sebagai vektor ekspresi untuk produksi protein rekombinan interferon α-2b pada L. lactis dan primer IFN yang spesifik terhadap gen tersebut telah didesain. Ekspresi protein ini ditentukan oleh jumlah plasmid pNZ8148-IFN dalam L. lactis, salah satu metode yang mampu mengkuantifikasikannya adalah metode qPCR. Kondisi optimum qPCR perlu dicapai karena untuk mengkuantifikasi jumlah plasmid perlu keakuratan dan presisi. Kondisi optimum tersebut sangat dipengaruhi oleh temperatur annealing PCR dan efisiensi PCR. Penelitian ini bertujuan mendeterminasi temperatur annealing optimum dan uji efisiensi primer IFN terhadap plasmid rekombinan pNZ8148-IFN. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah determinasi temperatur annealing optimum dengan PCR dan uji efisiensi PCR dengan Quantitative PCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa temperatur optimum PCR adalah 57°C dan efisiensi PCR sebesar 1.35. Temperatur annealing didapatkan masuk dalam kriteria yang baik yakni (57-60°C). Efisiensi PCR yang diperoleh (1.35) masih di luar kriteria yang baik (1.85-2.05).

The recombinant plasmid of pNZ8148-IFN is a pNZ8148 plasmid that has been inserted with the human interferon α-2b codon optimized coding gene. pNZ8148-IFN plasmid was used as an expression vector for the production of the recombinant protein interferon α-2b in L. lactis and IFN primers specific to that gene have been designed. The expression of this protein is determined by the amount of pNZ8148-IFN plasmid in L. lactis, one of the methods capable of determining is qPCR. The optimum condition for qPCR needs to be achieved because the determination plasmid copy number must be accurate and precise. The optimum conditions are strongly influenced by the PCR annealing temperature and the PCR efficiency. This study was aimed to determine the optimum annealing temperature and test the efficiency of primer IFN against the recombinant plasmid pNZ8148-IFN. The method used in this research was the determination of the optimum annealing temperature with PCR and PCR efficiency test with Quantitative PCR. The results obtained showed that the optimum PCR temperature was 57°C and the PCR efficiency value was 1.35. The annealing temperature obtained was included in the good criteria (57-60°C). The efficiency of IFN primer obtained (1.35) was still outside the good criteria (1.85- 2.05).