Keragaman Genetik Daerah Promotor dan 5’ Untranslated Region Gen HSP70 pada Sapi Pedaging
Abstract
Indonesia memiliki beragam jenis sapi baik asli, lokal, maupun eksotik yang
berpotensi sebagai sumber protein hewani. Pemanasan global telah menjadi
ancaman bagi produktivitas ternak yang berdampak negatif pada pertumbuhan,
reproduksi, produksi susu, dan sifat karkas ternak. Adaptasi adalah mekanisme
penting bagi ternak jika pemicu stres lingkungan berlangsung dalam kurun waktu
yang lama. Salah satu mekanisme adaptasi adalah heat shock protein, termasuk
HSP70 (heat shock protein 70) yang merupakan biomarker penting dalam
mekanisme biokimia terhadap stres panas. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi keragaman daerah promotor dan 5' UTR (untranslated region)
gen HSP70 pada sapi pedaging di Indonesia. Total sampel yang digunakan adalah
sebanyak 86 sampel darah yang terdiri dari sapi bali, madura, PO (peranakan
ongole), limosin, dan belgian blue. DNA Sampel selanjutnya dianalisis
menggunakan metode direct sequencing. Hasil genotyping menunjukkan adanya
lima SNP (single nucleotide polymorphism) di daerah promotor (g.-393T>C, g.-
343C>A, g.-202T>C, g.-69T>G) dan tiga SNP di 5' UTR (g.19A>G, g.45C>T,
g.100_101ins31). Frekuensi alel yang ditemukan pada sapi PO, limosin dan
belgian blue berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, sedangkan pada
populasi sapi bali dan sapi madura frekuensi alelnya disequilibrium. Secara umum
keragaman alel yang diamati berkisar rendah hingga tinggi (0.26-1.00), SNP
g.19A>G merupakan SNP yang memiliki keragaman tertinggi. Ditemukan bahwa
SNP g.-69T>G berikatan dengan faktor transkripsi dari NF-Y dan CAAT box.
Selain itu, ditemukan insersi 30 pb (pasang basa) (g.100_101ins31) pada sapi bali
dan sapi madura yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Global warming has become a threat of livestock productivity by negatively
affecting growth, reproduction, milk yield, and carcass traits of the livestock.
Adaptation is a crucial mechanism for animals if the environmental stressor is
present for an extended period. One of the mechanisms regulations of adaptation
is Heat shock protein, include HSP70 (Heat Shock Protein 70), which is an
essential biomarker as a biochemical mechanism against heat shock. This study
aims to identify genetic diversity in the promoter area and 5' UTR (untranslated
region) HSP70) gene in several beef cattle in Indonesia. A total of 86 blood
samples of bali, madura, PO (peranakan ongole), limousine, and BB (belgian
blue) cattle were used in this study. The extracted DNA of all blood samples was
then analyzed using the direct sequencing method. The genotyping results showed
the presence of five SNP (Single Nucleotide Polymorphism) in the promoter
region (g.-393T>C, g.-343C>A, g.-202T>C and g.-69T>G) and three SNPs at 5'
UTR (g.19A>G, g.45C>T, and g.100_101ins31). The frequency of SNP alleles
found in PO, limousine, and BB cattle was in equilibrium, but in bali and madura
cattle populations, the allele frequency was disequilibrium. In general, the level of
diversity of observed alleles ranged from low to high (0.26-1.00), where SNP
g.19A>G had the highest diversity. It was successfully revealed in this analysis
that the SNP g.-69T > G binds to both the NF-Y and CAAT box transcription
factor. In addition, the 30 bp (base pair) insertions (g.100_101ins31) that were
identified in bali and madura cattle have never been reported in previous research
studies.
Collections
- MT - Animal Science [1205]