Asal Usul Sapi Pesisir Berdasarkan Penanda DNA Mitokondria pada Daerah D-loop
View/ Open
Date
2019Author
Putri, Anzalia Eka
Farajallah, Achmad
Perwitasari, RR. Dyah
Metadata
Show full item recordAbstract
Sapi adalah salah satu ternak hasil domestikasi. Domestikasi ternak
dimulai 8.000-10.000 tahun yang lalu. Itu berasal dari keturunan auroch (Bos
primigenius) dari Afrika dan didistribusikan ke Eropa-Asia. Ada dua jenis sapi
modern yang berasal dari B. primigenius; mereka adalah sapi tak berpunuk (Bos
taurus) dan sapi berpunuk (Bos indicus). Selain itu, ada juga Bos javanicus, yang
merupakan keturunan Bibos banteng. Bos javanicus adalah salah satu sapi asli
Indonesia, yang berbeda dari B. taurus dan B. indicus. Ada juga beberapa jenis
sapi domestik di Indonesia, seperti Sapi Aceh, Sapi Madura, dan Sapi Pesisir. Sapi
Pesisir adalah salah satu lokal Indonesia yang merupakan keturunan Bos indicus
yang memiliki karakteristik tubuh kecil. Diasumsikan karena persilangan antara
sapi Pesisir dan sapi lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk
mempelajari asal-usul sapi Pesisir berdasarkan mtDNA D-loop dan untuk
mengetahui hubungan filogenetik antara sapi Pesisir dan sapi lainnya.
Sampel darah sapi diambil di dua lokasi, Way Krui dan Tanah Rekah.
Amplifikasi gen mitokondria menggunakan sepasang primer koleksi Achmad
Farajallah, yaitu AF22 (forward) 5'-GCGTACGCAATCTTACGATCA-3' dan
AF23 (revers) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC-3'. Penelitian ini berfokus pada
daerah d-loop. Hasil sequensing nukleotida diedit menggunakan program Bio Edit
versi 7.2.5. Urutan DNA yang diedit diselaraskan menggunakan Clustal W yang
termasuk dalam program MEGA versi 6.0. Semua sekuens DNA diparalelkan
dengan melibatkan beberapa referensi DNA homolog dalam data publik (NCBI).
Rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining
berdasarkan Parameter Kimura 2.
Hasil analisis mtDNA di wilayah d-loop menunjukkan bahwa ada dua
induk pada sapi Pesisir, yaitu Bos indicus dan Bos javanicus. Ruas d-loop sapi
pesisir memiliki panjang berfariasi karena adanya proses delesi dan insersi. Sapi
pesisir WK, ditemukan basa nukleotida (nt) dengan panjang 22 nt yang
mengalami pengulangan secara berurutan (tandem repeat). Motif berulang yang
muncul adalah GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Ruas berulang ditemukan
pada spesies B. javanicus dan sampel Lampung WK 01 dan sampel WK 13.
Kedekatan antara spesies ini adalah karena jarak geografis yang dekat antara Bos
indicus yang berasal dari Way Krui, Lampung dan Bos javanicus dari Jawa.