Identifikasi Marka Molekuler Ikan Nilem Osteochilus hasselti Resistan Aeromonas hydrophila melalui RAPD-PCR

Abstract

Ikan nilem merupakan ikan air tawar asli Indonesia yang terdistribusi di daerah Pulau Jawa, khususnya Jawa Barat. Serangan penyakit perlu diwaspadai dalam kegiatan budidaya. Salah satu penyakit yang menyerang yaitu motile aeromonad septicaemia (MAS) yang disebabkan oleh bakteri Aeromonas hydrophila. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi marka molekuler yang resistan terhadap A. hydrophila dengan teknik RAPD-PCR. Ikan nilem yang digunakan berukuran panjang total 8,44±0,36 cm dan bobot 6,19±0,47 g. Kepadatan bakteri yang digunakan pada penentuan LD50 yaitu 106,107, dan 108 CFU mL-1 dan diperoleh dosis LD50 yaitu 106 CFU mL-1. Sebanyak sepuluh ekor ikan nilem hidup dan sepuluh ekor ikan nilem mati pada 24 jam pascainfeksi diambil bagian sirip ekor (10-20 mg) untuk ekstraksi DNA genom. Proses optimasi amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan empat primer RAPD (OPA-08, OPA-11, OPB-06, dan OPC-09), dan dielektroforesis dengan gel agarosa 1,5%. Primer OPA-11 menghasilkan pita berukuran 1.400 bp yang terdapat pada ikan hidup dengan peluang kemunculan pita sebesar 40% dan 250 bp dengan peluang kemunculan pita sebesar 20%. Pita tersebut menjadi pembeda antara ikan resistan dan rentan, serta dapat dijadikan sebagai kandidat marka molekuler penanda ikan yang resistan.