Analisis Molekuler Kuda Laut (Hippocampus spp.) Berdasarkan Gen 16S rRNA dan COI di Perairan Kepulauan Riau dan Lampung

Abstract

Kuda laut (Hippocampus spp.) termasuk ke dalam Famili Syngnathidae yang memiliki tubuh bersegmen, sirip dada, sirip punggung, sirip dubur, dan tidak mempunyai sirip ekor. Kuda laut sulit dibedakan berdasarkan warna, bentuk, dan ukuran tubuh saja. Fenomena cryptic dan complex species pada kuda laut menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi. Distribusi kuda laut di Indonesia terdapat di perairan Kepulauan Riau dan Lampung. Identifikasi secara molekuler dapat meningkatkan keakuratan dan meminimalkan kesalahan identifikasi. Salah satu teknik dalam identifikasi molekuler yaitu DNA barcoding. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi kuda laut secara molekuler dan menganalisis hubungan kekerabatan kuda laut berdasarkan gen 16S rRNA dan COI di perairan Kepulauan Riau dan Lampung. Ekstraksi DNA menggunakan Qiamp DNA Blood and Tissue kit Qiagen. Hasil identifikasi kuda laut secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA dan COI di perairan Kepulauan Riau merupakan spesies H. comes (N = 2) dan H. kuda (N = 1). Berdasarkan gen 16S rRNA dan COI kuda laut di perairan Lampung merupakan spesies H. comes (N = 3). Nilai jarak genetik H. comes di perairan Kepulauan Riau dan Lampung berdasarkan gen 16S rRNA dan gen COI yaitu 0.000 dan 0.000 – 0.002. Nilai jarak genetik H. comes dan H. kuda berdasarkan gen 16S rRNA dan COI yaitu 0.064 dan 0.115. Berdasarkan gen 16S rRNA pada H. comes di perairan Kepulauan Riau (N = 2) dan Lampung (N = 3) ditemukan 1 haplotipe (haplotipe 1; N = 5). Berdasarkan gen COI pada H. comes di perairan Kepulauan Riau (N = 2) ditemukan 1 haplotipe (haplotipe 1; N = 2). Berdasarkan gen COI pada H. comes di perairan Lampung (N = 3) ditemukan 2 haplotipe (haplotipe 1; N = 2, dan haplotipe 2; N = 1). Analisis filogenetik H. comes di perairan Kepulauan Riau dan Lampung identik berdasarkan gen 16S rRNA dan COI. Berdasarkan analisis filogenetik gen 16S rRNA dan COI H. kuda di perairan Kepulauan Riau (N=1) termasuk ke dalam lineage B (Samudera Hindia).