Aplikasi DNA Barcoding dan Metabarcoding pada Ikan Kerapu Lumpur (Epinephelus coioides) dan Jenis Makanannya dari Perairan Raja Ampat

Abstract

Makanan merupakan sumber nutrisi bagi makhluk hidup tidak terkecuali untuk ikan dalam mempertahankan keberlangsungan hidup. Oleh karena itu perlu adanya pengkajian makanan melalui kebiasaan makanan ikan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi spesies ikan kerapu lumpur Epinephelus coioides melalui analisis DNA Barcoding serta keragaman jenis makanannya menggunakan analisis Metabarcoding dengan marka molekular gen COI. Sampel jaringan dianalisis dengan metode Sanger. Hasil identifikasi spesies melalui DNA Barcoding menunjukkan terdapat basa nukleotida sebanyak 643 pb dengan tingkat kemiripan sebesar 100%. Satu sampel isi perut ikan dianalisis dengan teknologi Next Generation Sequencing. Hasil penelitian menggunakan software MEGA 5.02 dari sampel isi perut didominasi oleh kelompok ikan sebesar 91,80% dan kelompok invertebrata sebesar 8,18%. Hasil serupa menggunakan software QIIME2 dengan referensi database MIDORI LONGEST, makanan didominasi oleh kelompok ikan E. coioides dengan frekuensi relatif berkisar 96% dan ivertebrata sebesar 2%.