Deteksi Jenis Makanan Ikan Kerapu (Epinephelus sp.) dengan DNA Metabarcoding berdasarkan Database Genetik dari Perairan Terumbu Karang, Raja Ampat.

Abstract

Ikan kerapu merupakan salah satu komoditas ikan karang yang bernilai ekonomi tinggi dan memiliki peran penting ekologis sebagai top predator. Ikan kerapu memiliki kerentanan terhadap kegiatan eksploitasi yang berlebihan, sehingga perlu dilakukan pengelolaan yang tepat terhadap sumberdaya ikan kerapu yang ada di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk validasi jenis ikan kerapu dan menentukan jenis makanan Epinephelus bleekeri dengan dua database genetik, yaitu MIDORI dan NCBI yang diharapkan dapat digunakan sebagai dasar dalam menentukan pengelolaan. Metode yang digunakan adalah DNA metabarcoding berdasarkan marka gen COI. Jenis makanan yang didapat dengan analisis berdasarkan database NCBI terdiri atas Chordata, Arthropoda, Moluska, dan Cnidaria. Jenis makanan yang didapat dengan analisis berdasarkan database MIDORI terdiri atas Chordata, Arthropoda, dan sebagian masih teridentifikasi sebagai eukaryota. Jenis makanan didominasi oleh Epinephelus bleekeri dari filum Chordata, berdasarkan kedua database genetik yang digunakan. Hasil penelitian ini memberikan informasi dasar, bahwa informasi genetik spesies yang ada di perairan Indonesia masih sangat minim pada database MIDORI.