Identifikasi Keragaman Gen Calpastatin (CAST|Alu1) pada Sapi Bali dengan Metode PCR-RFLP.

Abstract

Gen CAST merupakan salah satu gen yang berpengaruh pada keempukan daging dan berfungsi sebagai penghambat enzim calpain. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen CAST|Alu1 dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism. Sampel DNA sapi bali yang digunakan sebanyak 95 sampel yang terdiri atas 46 betina dan 49 jantan. Identifikasi keragaman gen CAST|Alu1 menggunakan pendekatan Polymerase Chain Reaction- Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dengan menggunakan enzim restriksi AluI. Frekuensi alel dan genotipe, nilai heterosigositas pengamatan dan harapan, serta keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan program Popgen32. Hasil amplifikasi gen CAST|Alu1 pada sapi bali diperoleh panjang fragmen 624 pb dan 2 alel yang terdiri atas alel T dan C serta 3 genotipe yaitu TT (474 pb), TC (474 pb dan 374 pb), dan CC (374 pb). Hasil genotyping CAST|Alu1 menunjukkan bahwa sapi bali di BPTU-HMT Provinsi bali bersifat polimorfik dengan nilai frekuensi alel tertinggi pada alel T (0.895) dibandingkan dengan alel C (0.105). Frekuensi genotipe pada sapi bali tertinggi terjadi pada genotipe TT (0.811), sedangkan genotipe TC (0.168) dan CC (0.021) rendah. Nilai heterosigositas pada sapi bali sangat rendah yaitu 0.1684 yang menunjukkan rendahnya variasi suatu gen dalam populasi. Berdasarkan hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa gen CAST|Alu1 pada sapi bali bersifat polimorfik.