Deteksi Keberadaan Cherax quadricarinatus (von Martens 1868) dan Procambarus clarkii (Girard 1852) Menggunakan Teknik Environmental DNA (eDNA)

Abstract

Cherax quadricarinatus (von Martens 1868) dan Procambarus clarkii (Girard 1852) merupakan lobster air tawar yang banyak dimanfaatkan untuk kegiatan akuakultur. Kedua spesies ini bukan merupakan spesies asli Indonesia. Dikarenakan sifat adaptasi dan toleransi yang tinggi di berbagai kondisi lingkungan, kedua spesies ini mudah menginvasi perairan tawar Indonesia. Pencegahan dini dapat dilakukan dengan memonitoring penyebaran C. quadricarinatus dan P. clarkii sehingga dapat dikendalikan dalam invasinya di perairan. Deteksi environmental DNA (eDNA) memberikan solusi yang tepat untuk mengetahui keberadaannya dengan cepat di perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menguji spesifisitas primer dengan menggunakan metode pengembangan PCR berdasarkan penempelan primer spesifik dan mengaplikasikan teknik eDNA untuk deteksi C. quadricarinatus dan P. clarkii. Sampel air dikoleksi dari 35 lokasi badan perairan tawar di Jawa Barat. Masing-masing lokasi dibagi menjadi tiga titik, antara lain bagian inlet, tengah, dan outlet. Sampel dipreservasi dengan menggunakan sodium klorida 6M sebanyak 1/10 bagian dan alkohol 96% sebanyak 1/3 bagian. Ekstraksi DNA dilakukan dengan teknik pengendapan. Validasi keberadaan C. quadricarinatus dan P. clarkii dilakukan berbasis PCR dan desain primer spesifik. Amplifikasi PCR dilakukan dengan dua tahap. Amplifikasi pertama dengan primer universal dan amplifikasi kedua menggunakan primer spesifik C. quadricarinatus dan P. clarkii. Target ukuran primer spesifik C. quadricarinatus dan P. clarkii adalah 394 pasang basa dan 246 pasang basa. Primer spesifik yang telah didesain berhasil menempel sesuai dengan ukuran target untuk C. quadricarinatus dan P. clarkii. Dari keseluruhan lokasi badan perairan keberadaan C. quadricarinatus terdeteksi pada 21 lokasi (60 %) dan keberadaan P. clarkii pada 1 lokasi.