Hubungan Kekerabatan Lobster Air Tawar (Procambarus clarkii Girard, 1852) berdasarkan Marka Gen 16S rRNA di Jawa Barat.

Abstract

Procambarus clarkii dikenal sebagai Red swamp crayfish yang merupakan salah satu kelompok lobster air tawar dan termasuk kategori spesies invasif. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan hubungan kekerabatan lobster air tawar (P. clarkii) menggunakan marka gen 16S rRNA dari beberapa lokasi di Jawa Barat. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari hingga April 2018. Lobster diambil sebanyak 10 contoh dari masing-masing lokasi Caringin, Sawangan, Parung, Laladon, dan Panaragan. Isolasi dan ekstraksi DNA menggunakan prosedur manual kit komersial Gene Aid lalu dilanjutkan ke tahap sequencing. Analisis data untuk mensejajarkan urutan basa nukleotida menggunakan software MEGA 5.0. Tahap amplifikasi menggunakan marka gen 16S rRNA. P. clarkii yang berasal dari Caringin, Sawangan, Parung, Laladon, dan Panaragan terdapat dalam satu unit populasi yang sama. Species origin P. clarkii dari kelima lokasi observasi diduga berasal dari Amerika yang ditunjukkan dengan jarak genetik yang kecil sebesar 0,3%. Hubungan kekerabatan P. clarkii yang berada di Jawa Barat sangat dekat. Terdapat hanya satu situs nukleotida spesifik pada gen 16S rRNA spesies P. clarkii yang menujukkan bahwa spesies ini bersifat sangat adaptif.