Validasi Molekuler Berdasarkan Marka Gen 16S rRNA di Perairan Bintan sebagai Tahap Awal Pengelolaan Kuda Laut (Hippocampus spp.)

Abstract

Kuda laut merupakan biota yang dilindungi dan ditetapkan dalam kategori vulnerable atau rentan dalam IUCN, serta termasuk ke dalam Appendiks II pada CITES. Fenomena cryptic species dan complex species pada biota perairan sering menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies kuda laut berdasarkan marka gen 16S rRNA dan menentukan hubungan kekerabatan kuda laut di perairan Bintan. Isolasi dan ekstraksi DNA menggunakan kit komersial Qiagen menghasilkan DNA total yang kemudian diamplifikasi menggunakan primer universal 16S rRNA, dan dilanjutkan ke proses sekuensing. Analisis basa nukleotida menggunakan BLASTn menunjukkan bahwa kelima contoh kuda laut mirip dengan Hippocampus comes. Urutan basa nukleotida kemudian disejajarkan dengan outgroup dari genus Hippocampus dan Syngnathus menggunakan software MEGA 5.0. Terdapat 18 situs nukleotida spesifik pada H. comes yang membedakannya dari spesies outgroup. Kajian ini menunjukkan bahwa gen 16S rRNA mampu memvalidasi spesies H. comes dan dapat dijadikan sebagai penanda molekuler yang akurat untuk H. comes.