Pengukuran Kemiripan Resistensi Gen Plasmodium Falciparum Terhadap Antimalarial Berbasis Ontology

Abstract

Salah satu kendala di dalam penanganan malaria yang diakibatkan oleh Plasmodium falciparum adalah adanya resistensi terhadap obat antimalarial diantaranya chloroquine dan sulfadoxine-phyrimethamine. Gen yang diketahui resisten terhadap chloroquine adalah P. falciparum chloroquine resistance(pfcrt) dan P. falciparum multidrug resistance 1(pfmdr1). Sedangkan Dihydrofolate reductase (Dhfr) dan dihidropteroat synthase (Dhps) resisten terhadap sulfadoxine-phyrimethamine. Penelusuran kemungkinan gen lain yang resisten dapat dilakukan dengan mengetahui sifat-sifat gen yang berhubungan dengan resistensi tersebut. Salah satu cara untuk menelusuri informasi gen adalah melalui Gene Ontology dengan menghitung kemiripannya secara semantik melalui pendekatan path length metode Wang. Nilai kemiripan diuji pada ketiga komponen dalam Gene Ontology dan sebanyak 6 pasangan gen yang diuji. Nilai kemiripan terbesar 1 diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 pada komponen Molecular Function karena kedua gen memiliki Drug transmembrane transporter activity. Nilai 1 selanjutnya diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 dan pasangan gen Pfmdr1 dan Dhfr pada komponen Biological Processes karena kedua gen memiliki Response to drug. Nilai terbesar kedua diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 pada komponen Cellular Component sebesar 0.714, kedua gen memiliki kemiripan pada beberapa komponen seperti Food vacuole, Membrane dan Integral component of membrane. Nilai terbesar ketiga sebesar 0.565 diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Dhfr pada komponen Cellular Component karena memiliki kemiripan pada beberapa komponen seperti Endoplasmic Reticulum dan Cytoplasm. Nilai terbesar terakhir yang diambil dari pasangan gen Dhfr dan Dhps sebesar 0.526 pada komponen Biological Processes karena memiliki kemiripan antara Glycine biosynthetic process dan Dihydrofolate biosynthetic. Dengan demikian penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi awal mengenai resistensi serta dapat mendeteksi gen lain yang terindikasi resistensi sebelum penelitian lebih lanjut secara molekuler.