Identifikasi dan Penentuan Serogrup Secara Molekuler Terhadap Tiga Isolat Lapang Pasteurella multocida.

Abstract

Hemorrhagic Septicemia (HS) atau Septicaemia Epizootica (SE) adalah penyakit yang bersifat akut dan fatal menyerang kerbau dan sapi yang disebabkan oleh bakteri Pasteurella multocida (PM). Septicaemia Epizootica merupakan penyakit endemik di Indonesia, kejadian SE dilaporkan hampir tiap tahun hingga 2017 di berbagai wilayah Indonesia. Diagnosis SE di Indonesia umumnya dilakukan berdasarkan gejala klinis dilanjutkan dengan isolasi bakteri melalui metode kultur, serta identifikasi melalui uji biokimia dan serologi yang membutuhkan waktu relatif lama. Sementara itu, identifikasi yang lebih praktis secara molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk menerapkan teknik biomolekuler menggunakan metode PCR dalam mengidentifikasi PM hingga tingkat serogrup yang dapat dilakukan kurang dari 48 jam. Tiga isolat koleksi Laboratorium Bakteriologi, Departemen IPHK, FKH, IPB yang diisolasi dari darah sapi pada kasus lapang suspect SE dan diidentifikasi sebagai PM berdasarkan morfologi dan uji biokimia. Dua isolat MKS2014_003 dan MKS2014_004 berasal dari Sulawesi Selatan (SulSel) dan 1 isolat NTT2015_006 berasal dari Nusa Tenggara Timur (NTT). Isolat koleksi disubkultur pada media agar darah dengan penambahan neomisin dan basitrasin. Koloni yang tumbuh diuji biokimia menggunakan VITEK®2Compact. Amplifikasi PCR dilakukan menggunakan primer famili gen 16SrRNA, spesies gen kmt, multipleks gen kapsular. Konfirmasi serogrup menggunakan gen bcbD, sekuensing dan analisis menggunakan BioEdit versi 7.2.5; CLC Sequence Viewer 7.7 dan MEGA 6.0. Ketiga isolat koleksi diidentifikasi sebagai PM dengan metode PCR dengan primer kmt dan konsisten dengan hasil VITEK®2 system. Serogrup B dari ketiga isolat berhasil diidentifikasi menggunakan metode multipleks PCR dengan target gen bcbD. Analisis urutan 688 nukleotida gen parsial kapsul bcbD dari ketiga isolat tersebut menunjukkan identitas 99.9-100% terhadap M1404 B:2 (GenBank Acc No. AF169324.1) dan 99.7-99.9% terhadap strain Razi_Pm0001 (No. CP017961.1), Sementara itu satu mutasi diam teramati pada isolat MKS2014_004 dari SulSel. Temuan ini memperkuat penerapan PCR sebagai metode yang cepat dan spesifik untuk identifikasi dan karakterisasi PM.