Perbandingan Dua Metode Isolasi DNA pada 49 Jenis Kayu Tropis

Abstract

Keberhasilan ekstraksi DNA (Deoxyribonucleic Acid) sangat penting bagi proses investigasi genetika kehutanan molekuler. Penggunaan sampel biasanya berupa organ tanaman hutan yang lunak dan muda karena memiliki sumber DNA yang bagus. Namun, jenis sampel tersebut tidak dapat diperoleh dalam kasus tertentu seperti untuk tujuan forensik. Sebagai penggantinya, kayu memiliki potensi sebagai sumber DNA dimana metode ekstraksinya sudah dikembangkan dengan berbagai tingkat keberhasilan, akan tetapi pengujian efektifitasnya pada kayu tropis yang tumbuh di Indonesia belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil isolasi DNA dari berbagai jenis sampel kayu kering dan segar menggunakan dua metode isolasi yaitu Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan Qiagen DNeasy Plant Mini Kit (QDPMK). Hasil ekstraksi divisualisasi dalam gel agarosa, dikuantifikasi menggunakan Nanophotometer NP80 Implen dan diamplifikasi menggunakan dua primer universal yaitu ITS dan rbcL. Hasil ekstraksi sampel kayu kering tidak tervisualisasi pada gel sedangkan sampel kayu segar menunjukkan sapuan (smear) yang cukup tebal untuk kedua metode ekstraksi. Hasil uji kuantitas menunjukkan bahwa sampel yang diekstraksi menggunakan metode CTAB memiliki konsentrasi lebih banyak dibandingkan dengan metode QDPMK pada kedua jenis sampel, namun memiliki nilai optical density ratios diluar rentang kemurnian (λ260/280 : 1,8 – 2,0 dan λ260/230 : 2,0). Keberhasilan proses amplifikasi primer ITS dan rbcL pada sampel kering cukup rendah namun tidak berbeda jauh pada kedua metode. Hasil amplifikasi ITS dan rbcL pada sampel kayu segar memiliki keberhasilan yang cukup tinggi.