DNA Barcoding, Rekonstruksi Filogenetik dan Struktur Populasi Makroalga Antar Ekoregion Laut Indonesia

Abstract

Makroalga memiliki banyak manfaat, baik manfaat secara ekologis maupun ekonomis bagi masyarakat. Berdasarkan pentingnya peranan makroalga, maka perlu dilakukan pendataan atau inventarisasi makroalga di berbagai perairan laut di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis secara molekuler dan morfologi, merekonstruksi pohon filogenetik, menganalisis kondisi dan keterkaitan makroalga melalui penutupan, kepadatan, dan indeks ekologi makroalga antar ekoregion laut yang ada di Perairan Kepulauan Seribu, Karimunjawa, Luwuk, dan Wakatobi. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli hingga bulan Agustus 2016 di Perairan Kepulauan Seribu, Karimunjawa, Luwuk, dan Wakatobi. Pada Perairan Kepulauan Seribu dilakukan identifikasi sekaligus membuat rekonstruksi. Tahapan yang digunakan ada tiga, yaitu ekstraksi, PCR dan elektroforesis. Target penanda untuk amplifikasi DNA adalah tufA. Pada ketiga lokasi lainnya dilakukan sampling yang diwakili oleh tiga stasiun pengamatan di setiap lokasi dan setiap stasiun terdiri dari tiga pengulangan. Transek garis dengan membentangkan rollmeter sepanjang 50 meter diletakkan sejajar dengan garis pantai di daerah terumbu karang pada kedalaman 10 meter dan jarak antar transek adalah 10 meter. Pengamatan penutupan dan kepadatan makroalga pada setiap transek dilakukan dengan menggunakan transek kuadrat berukuran 50 cm x 50 cm dengan jarak antar transek kuadrat sebesar 5 meter. Identifikasi dan perhitungan makroalga dihitung di setiap transek kuadrat menggunakan perangkat lunak Coral Point Count with Excell Extension (CPCe). Analisis data yang dilakukan untuk menghitung penutupan, kepadatan, Indeks Keanekaragaman (H’), Indeks Kemerataan (E), dan Indeks Dominasi (D). Hasil dari Kepulauan Seribu yang teramplifikasi dengan baik berjumlah 3 sampel dari total 9 sampel. Hasil penelitian dari perairan Karimunjawa (Jawa Tengah), Luwuk (Sulawesi Tengah), dan Wakatobi (Sulawesi Tenggara) ditemukan 16 spesies makroalga. Terdapat perbedaan nyata untuk penutupan dan kepadatan makroalga dari ketiga lokasi pengamatan (p<0.05). Spesies Jania adhaerens memiliki penutupan dan kepadatan terbesar di Luwuk, diikuti oleh Wakatobi dan terendah di Karimunjawa. Keanekaragaman dan kemerataan makroalga yang tertinggi terdapat di Wakatobi namun paling rendah untuk indeks dominan. Hasil analisis cluster berdasarkan kepadatan dan spesies-spesies yang ditemukan di ketiga wilayah menunjukkan bahwa Wakatobi dan Luwuk memiliki tingkat kemiripan yang tinggi.